以甘肃省平凉市崆峒区生态农业系统为例,分析生态农业系统内部农业、效应、政策三大子系统的相互作用关系.以农业产业链中物质、能量流动过程为主线,以产业的生态、经济效益为衡量依据,运用VENSIM软件建立AEP-SD系统动力学模型.量化分析了崆峒区生态农业发展的综合效益,并对系统2009年至2005年时间段内的发展趋势进行模拟.经模拟,生态农业系统的经济、生态综合效益短期内将不断提升.通过分析发现,这些系统缺陷虽然在未来四十年内将对系统产生巨大影响,甚至导致系统走向衰亡,但在其最初发展阶段却没有或很少有相应的生态、经济负效应出现.加之不同产业从业人员之间存在信息流动的相对封闭性,系统缺陷难以及时被发现并得到科学合理的纠正和弥补.基于系统动力学模拟分析的结果,笔者针对系统存在各项缺陷的根本原因,制定了系统性的政策调控方案,对系统进行整体优化调控.分别对牛产业、沼气制造与利用、能源与碳排放、秸秆回收利用等环境提出了详细的政策优化建议.并运用模型对优化后系统的生态、经济效益进行了再次模拟.经模型模拟发现,调控后系统综合效益将在原有基础上大幅提升,而且从源头上改变了系统衰落的趋势,消除了大量的生态、经济负效应,使生态农业系统最终实现了可持续发展.