食品发酵工业过程分为菌种、发酵和提炼三个阶段，与之伴随着各自的工程学问题，分别称为上游、中游和下游工程。上游工程包括菌株的选育、发酵条件的确定及培养基的准备，在上游确定的条件下，在发酵罐内大量培养细胞及生产代谢产物，即为中游工程；从发酵液中分离和纯化产品，如固液分离技术、蛋白质纯化技术、细胞破壁技术、包装处理技术，即为下游工程。发酵工业具有较高的安全性，如有益微生物的生长、杀菌剂的产生、有害微生物生长的抑制及某些微生物的脱毒作用，但也有其固有的安全隐患。该文旨在对其安全隐患进行分析，提出预警，以期实现控制。在发酵上游阶段，食品原料本身即会产生影响；发酵中游阶段，发酵方法、生产容器、加工环境、包装工具等固有因素，伴随着发酵产生的副产物，如泡菜生产过程中产生的亚硝酸盐、白酒酿造过程中产生的甲醇及高级醇，均会产生相应的安全隐患；发酵下游阶段，酿造废弃物的处理与回收目前已是一个较大的研究领域。本文通过对以上内容进行综述，并提出展望。