在本研究中我们首先通过TCGA结合乳腺癌组织芯片分析,发现ULK1基因在三阴性乳腺癌中显著低表达,这种低表达会引发乳腺癌患者较低的生存率。因此设计激动ULK1的靶向抗TNBC的小分子化合物可能是乳腺癌治疗的新策略。通过对ULK1及ULK复合体成员激动模式的分析,我们发现针对其结合口袋可以设计开发使ULK1及ULK复合体长期处于激活状态的小分子化合物。随后,我们通过LibDock,CDOCKER从Drugbank数据库中得到20个候选化合物。通过对前体化合物的SAR分析,结合细胞活力和酶活力测试,三轮改构合成了32个小分子化合物。其中LYN-1604具有最优的酶活力(EC50=18.94 nM)和细胞毒(IC50=1.66μM)活力[1]。另外,我们通过点定点突变结合生化实验发现Lys50, Leu53,Tyr89这3个氨基酸残基是LYN-1604激动ULK1的关键位点。我们还发现LYN-1604通过激活ULK1及其复合体诱导MDA-MB-231细胞发生ATG5依赖的自噬相关性细胞死亡和凋亡;基因芯片进一步分析发现LYN-1604可以ULK1依赖的调控ATF3,RAD21,caspase3进一步诱导MDA-MB-231细胞死亡;此外,动物实验进一步发现LYN-1604具有很好的体内疗效和较低的毒性[2]。以上结果深入阐明了TNBC小分子候选药物LYN-1604在TNBC体内、外模型中通过激活ULK1及ULK复合体激活经典自噬和凋亡通路介导TNBC细胞死亡的机制,为基于创新靶点的抗TNBC的小分子药物研发提供理论依据和基础。