【摘 要】
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对松萝凤梨(Tillandsia usneoides)开展转录组测序分析,共获得62779条单基因簇(Unigene;4.72Gb).利用MISA软件筛选出17964个基因内部微卫星(genic SSR)位点,分布于14196条Unigene中,出现频率为28.61％,平均分布距离为7.14kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的39.36％、22.30％和29.40
【机 构】
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浙江省农业科学院花卉研究开发中心,国家花卉工程技术研究中心凤梨研发与推广中心,杭州311202
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对松萝凤梨(Tillandsia usneoides)开展转录组测序分析,共获得62779条单基因簇(Unigene;4.72Gb).利用MISA软件筛选出17964个基因内部微卫星(genic SSR)位点,分布于14196条Unigene中,出现频率为28.61％,平均分布距离为7.14kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的39.36％、22.30％和29.40％.二核苷酸重复中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的17.38％,三核苷酸重复以CCG/CGG和AGG/CCT为主,分别占4.63％和4.41％.对含有genic SSR序列注释发现:3001个Unigenes具有KOG注释;6958个Unigenes具有GO注释;1654个Unigenes具有KEGG直系同源(KO)系统注释.这些Unigenes涉及了许多重要的生物功能和代谢途径,这预示着这些潜在的标记可能与重要的生物功能有关.这些信息将为松萝凤梨分子标记开发以及相关基因组研究奠定基础.
其他文献
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