【摘 要】
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MADS-box转录因子是植物生长发育过程的重要调控因子。为了解菠萝MADS-box转录因子的序列特征和分类情况,本文采用生物信息学方法,对菠萝全基因组的MADS-box进行序列分析,包括菠萝MADS-box转录因子的数量、外显子和内含子组成情况、编码蛋白的基本特性及系统进化树的分析。结果 表明,菠萝基因组中有40个MADS-box转录因子,且基因结构分析表明8个菠萝MADS-box基因符合植物M
【机 构】
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海南省农业科学院热带果树研究所/农业部海口热带果树科学观测实验站,海南海口571100;海南省热带果树生物学重点实验室,海南海口571100
【出 处】
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第六届全国果树分子生物学学术研讨会
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MADS-box转录因子是植物生长发育过程的重要调控因子。为了解菠萝MADS-box转录因子的序列特征和分类情况,本文采用生物信息学方法,对菠萝全基因组的MADS-box进行序列分析,包括菠萝MADS-box转录因子的数量、外显子和内含子组成情况、编码蛋白的基本特性及系统进化树的分析。结果 表明,菠萝基因组中有40个MADS-box转录因子,且基因结构分析表明8个菠萝MADS-box基因符合植物MADS-box基因的典型结构,具有6个内含子和7个外显子；27个菠萝MADS-box转录因子编码氨基酸在200～300个之间,其中最小的AcMADS40仅有104个氨基酸组成,最大的AcMADS08由436个氨基酸组成；40个MADS-box基因中有31个偏碱性,4个显酸性,5个呈中性；二级结构分析结果表明,6个MADS-box蛋白无规卷曲所占比例最高,AcMADS02 a-螺旋和无规卷曲都为25个,β-转角为5个；其余33个菠萝MADS-box蛋白均以α-螺旋所占比例最高；大多数MADS-box蛋白定位于细胞核,其他零星分布于其他细胞器；包含基序1和基序2的MADS-box蛋白所占比率均在85％以上,说明基序1和基序2是菠萝MADS-box蛋白中的重要保守基序；系统进化树分析表明,除AcMADS33和AcMADS40自成一组外,属于Ⅰ型的菠萝MADS-box基因有7个,属于Ⅱ型的菠萝MADS-box基因有31个。
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