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株高作为玉米重要的农艺性状之一，对玉米的产量、抗倒性等有着重要的影响。本试验选用株高差异较大的12个玉米自交系作为杂交亲本，其中6个母本自交系分别为矮秆、中秆、高秆3种类型，6个父本自交系均为高秆类型，按照不完全双列杂交试验方法配制36个杂交组合。从中选择亲本株高差异较大的组合F1049×F1023和F1133×F1053分别构建2个F2分离群体。对亲本、F1杂交组合以及F2分离群体的株高性状进行鉴定，分析株高性状的遗传规律和配合力大小。根据国内外已发表的与玉米株高性状主效QTL（贡献率>10%）连锁的SSR标记中，选取平均分布于10条染色体的30对引物，利用亲本、F1代以及F2代分离群体对标记进行验证，筛选玉米株高的主效SSR标记。研究结果如下：1.通过对12个玉米自交系分析表明，F1049可作为改良后代株高的的优良亲本自交系。F1023和F1131两个自交系产量性状一般配合力表现较好，可作为选育产量优势组合的优良自交系。产量优势组合有F1113×F1053、F1041×F1101，具有较强杂交优势可在生产上进一步利用。同一自交系分别与矮秆、中秆、高秆玉米自交系配制杂交组合，其杂交组合F1代的株高表现为：高×高>中×高>矮×高，表明与矮秆自交系组配其F1代的株高比与高秆自交系杂交组配的F1代株高矮。2.通过对36个组合的11个性状分析表明，株高、穗位高、穗长、穗行数、出籽率受加性基因效应影响，适宜早代选择。秃尖、单株粒重受非加性基因作用相对较大，宜进行晚代选择。对2个F2分离群体进行正态分布检验。结果表明，在2个F2分离群体中，株高呈连续性变异而且符合正态分布，说明玉米株高是受多基因控制的数量性状。3.对玉米SSR标记技术进行了优化。优化后的PCR反应体系为：20uL反应体积中包括1.5mmol/L Mg2+、0.05mmol/L dNTPs、0.5UTaq DNA聚合酶、0.05umol/L引物、10×PCRbuffer2.0μL和80ng模板DNA，退火温度为60℃。银染方法为：蒸馏水快速漂洗1次，0.1%的硝酸银溶液银染8min；蒸馏水洗30s；3%氢氧化钠与1%甲醛显影。4.在玉米株高性状主效QTL（贡献率>10%）连锁的SSR标记中，筛选出了4个玉米株高的主效SSR标记分别为p-umc1165、umc1101、bmc1056、umc1152。其中p-umc1165、umc1152可用于筛选玉米矮秆材料，筛选准确率为56%和52%。标记umc1101、bmc1056可用于筛选玉米高秆材料，筛选准确率为51.5%和53.5%。