RNA研究是生物信息学领域的重要内容之一。RNA结构决定RNA功能。RNA二级结构比对是结构生物、结构化学和生物信息学中的基础性问题。RNA二级结构比对研究对RNA二级结构预测和RNA功能的研究有重要意义。首先,提出了一种新的RNA二级结构表示方法,将RNA二级结构表示成一条时间序列,序列元素为非负整数。这种表示法不受RNA二级结构是否含有假结的影响,能够完整地表示RNA二级结构的结构信息。其次,在这种表示法的基础上,提出一种新的、基于动态时间规整算法的RNA二级结构比对算法,即DTW-RSC算法。算法将RNA二级结构转化成与RNA等长的时间序列,通过动态时间规整算法计算时间序列间规整距离,以此度量RNA二级结构间相似性,规整距离越小代表相似性越高。再次,针对DTW-RSC算法比对效果和计算时间花费两方面,对算法进行优化并提出基于带约束的加权动态时间规整的RNA二级结构比对算法,即CWDTW-RSC算法。算法加入全局约束半径限制,缩小规整路径搜索范围,并在计算过程中运用权重调整机制,提高计算时对结构差异性影响较大的序列点对的计算权重,使得差异性和相似性结果更加显著,提高RNA二级结构数据集比对结果的区分度。最后,通过两组对比实验分别验证DTW-RSC算法和CWDTW-RSC算法的可行性。第一个实验分别在四组不同数据集上运用DTW-RSC算法进行比对实验。第二个实验以算法运行时间和比对结果分布情况为评价标准验证CWDTW-RSC算法的优化效果。实验结果表明,DTW-RSC算法具有可行性,CWDTW-RSC算法比对结果区分度更高。