本文利用马尾松富集文库来开发SSR引物。采用高效的微卫星筛选分离策略:将基因组DNA酶切,再进行选择性扩增(AFLP DNA);然后用生物素标记的(AG)15、(AC)15混合探针与其杂交,杂交后的片段与包被在磁珠表面的链亲和素(streptavidin)结合,经过一系列洗涤后,不含SSR部分被洗涤,而含有SSR的AFLP片段通过PCR扩增得到双链目的片段,将这些片段连接到T载体上,并转化感受态细胞。经PCR法检测,最后对58个克隆进行测序,向GENEBANK提交了27条非同源性序列。利用SSRHunter对序列进行微卫星统计,发现含有微卫星序列13个。分析微卫星种类,其中(TG/AG)n、(GA/CT)n比例最高,并发现三碱基重复微卫星(AAG)n、(CTT)n、(AAG)n。利用生物信息学的方法,对火炬松数据库中的1000条EST序列进行了微卫星筛选,结果得到50条含有微卫星序列的EST序列。利用软件Primer5.0,对从马尾松富集文库中得到的13个微卫星序列和筛选出来的EST序列进行引物设计。用马尾松7个个体进行多态性检测,结果表明:其中有17对引物多态性较好。筛选出来的引物,进一步在黑松5个个体和雪松5个个体中进行了验证。结果表明,M1和M15在黑松中成功扩增,表现出多态性;M1,M6和M14在雪松中成功扩增,表现出多态性。本实验方法开发微卫星引物的效率较高。可作为从马尾松基因组中分离微卫星DNA的有效方法。首次采用磁珠富集马尾松AFLP片段中的微卫星序列和从ESTs中挖掘微卫星序列,获得了多态性SSR标记,为进一步从马尾松中分离大量的多态性卫星标记提供了可靠的试验方法。