高新技术企业是知识、技术和人才密集型的企业。中高级管理人员及技术人员是高新技术企业的核心人力资源，他们对促进高新技术企业的发展起着至关重要的作用。建立科学有效的内部激励机制，最大限度地激发他们的积极性和创造性并留住他们，是高新技术企业亟待解决的问题。企业激励机制的实施过程中，一个很重要的因素就是激励的标准问题，而评价标准设计的科学合理性又关系到激励制度的实施效果。高新技术企业的内部财务评价指标体系和内部激励机制问题一直以来都是学术界研究的热点，但将两者结合研究较少。因此，研究高新技术企业内部财务评价指标体系及其在企业激励机制中的应用问题，在理论上和实践上都具有很重要的意义。 吸引并留住优秀人才的关键是建立有效的激励机制。借鉴有关激励理论，本文指出高新技术企业的内部激励对象有两类，一是企业内部各个部门，二是企业的中高层管理人员和技术人员等核心人力资源。针对我国高新技术企业内部激励机制现状，本文提出应对企业内各部门实行集体激励机制，对中高层管理人员和技术人员实行长期激励机制。论文分析了两种集体激励方式——利润分享计划和成本分享计划的特点，指出对不同性质的部门应实行不同的激励方式；结合中高级管理人才和技术人员的特征，本文指出对他们的长期有效激励方式是股票期权和虚拟股票，并对在高新技术企业如何具体实施股票期权和虚拟股票进行了说明。 建立高新技术企业内部激励机制的关键是设计科学的内部财务评价指标体系作为评价标准。本文借鉴国内外有关企业内部财务评价理论及先进实践经验，针对我国企业内部财务评价指标体系的局限性，分析了企业内部财务评价指标的特点，论述了高新技术企业进行内部财务评价的重要意义。根据平衡记分卡的基本原理，本文从工作绩效和管理绩效两个方面，结合评价对象的工作职责和评价目标，分别设计了财务评价指标，构成企业内部财务评价指标体系。本文还分析了内部财务评价指标体系在激励机制中的具体应用方法。 最后，以高科技企业GSY为案例，进行企业内部财务评价指标和内部激励机制的结合研究，以论证本文研究结论的合理性和可行性。