阴阳学说、五行学说、精气神学说是中医学重要的理论学说，也是内丹学的理论支柱。五行由阴阳分化而成，阴阳五行用于阐述精气神的运动，因而合阴阳学说、五行学说、精气神学说为阴阳理论体系。本文以文献学的方法，从内丹学中，撷取关于这些学说的独特认识，并与中医学的认识相对比，将其系统整理，以求发掘阴阳理论体系的深层内涵，详明精气神的运动变化。 从历史上看，内丹学起源于先秦时期，成熟于汉，充分发展于唐宋，以阴阳理论体系为基础研究卫生保健为宗旨的性命之学，与中医学联系紧密，一度寄寓于道教之中，却有着丰富的科学内涵。 论人形神来源，从物质生成之序来说，首先有元气、元精、元神，三者由道而生，人之精、气、神感应自然，反映外部世界的运动。在对阴阳理论体系的认识方法上，内丹学重视元气、元精、元神能体现“道”的媒介作用，中医学也应如此。 先天无形之元气分化为元精和元神，元精为阳，元神为阴，即以太极之体开始分化，从二仪、八卦以至于生成有形之人体。内脏的属性和位置，与易理相通。脏腑生成后，元阳在肾，在元阳的作用下肾生真气，循行于脏腑之中。构成的阴阳升降，周而复始的运动。 在后天之体中，天人相应分有几个层次。范围在天覆地载之中，处于地球及大气层内，气液升降的周期变化，天人相应地形成人体最重要的脏腑之间气液循行。这一层次天人相应影响形成的内脏气化功能可总结为：气根于肾；液根于心；真阳生于心，也称火生木；真阴生于肾，也称水生金；内丹学中称此为五行错王。气液循环相生，与天地具有相似的周期。针对一些容易发生问题的环节，有对应方法相配。这些方法是对气液循环理论的实践应用。特别是五行错王规律指出了后天阴阳产生的根源，指导了采收保全精气的修炼方法。 日月运行规律和人体督任二脉对应。脏腑生成的精华之气，以阳气顺督脉上升而补脑，然后转化为阴液顺任脉下降而泽润周身。督任具有宏观调控阴阳、五脏气液、精神状态的功能。任督脉中运行的精气与神的活动关系密切，是形神关系、神与阴阳关系的物质和功能基础。 一气分为阴阳，再列五方，五方异气而有五行，五行各有阴阳。五脏之真气旺衰有其时间规律。内丹学注重应用五行生旺盛衰规律，在同自然界变迁过程中，避免任一脏之气因受克制而过度衰弱，达到五行之气能相继传递不绝，以完成阴阳循环。同时注意养真气。内丹学在阴阳理论体系上的研究方法对中医学有重要的借鉴意义，其成就为中医学理论能提供更加形象具体的认识。