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近年来,华南地区养猪业蓬勃发展,猪群中的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV)、猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus Type 2,PCV2)、猪圆环病毒3型(Porcine Circovirus Type 3,PCV3)等重要免疫抑制病原,依然困扰着养猪业的健康发展,给养猪业造成了巨大的经济损失。开展PRRSV、PCV2和PCV3的分子流行病学研究,有助于我们掌握现有疫苗的使用效果以及病毒的流行现状,为今后的猪病防控策略提供重要参考依据。本研究主要对华南部分地区的PRRSV、PCV2和PCV3进行分子流行病学调查和遗传进化分析,研究内容如下:在PRRSV的分子流行病学调查与遗传进化分析中,一种用于同时检测北美型和欧洲型猪蓝耳病病毒的二重RT-PCR方法被建立并应用于PRRSV的分子流行病学调查。经二重RT-PCR检测,在958份送检样品中,获得62份北美型PRRSV阳性样本(6.47%)和10份欧洲型PRRSV阳性样本(1.04%)以及5份北美型和欧洲型混合感染的阳性样本(0.52%)。从67份北美型PRRSV阳性样本中,选取有代表性的27株阳性毒株的ORF5进行遗传进化分析,结果显示19株属于亚型4;6株属于亚型5;1株属于亚型6;1株属于新亚型(亚型7)。此外,还成功分离了1株基因缺失病毒(ORF5缺失3个核苷酸),其基因组全长为15304bp,并命名为CH/GDYDZZZ/2016。另外,对15株欧洲型PRRSV的ORF5进行遗传进化分析,结果显示15株欧洲型PRRSV全部属于泛欧1型,但序列差异仍然很大,进一步可以分为3个不同的小分支。在PCV2的分子流行病学调查与遗传进化分析中,通过普通PCR共检测出阳性样品为162份(16.91%),利用鉴别PCR进行PCV2的分型,共检测出PCV2ae阳性样品为14份(1.46%),PCV2bcd阳性样品为48份(5.01%)。对9个阳性猪场样品进行全基因组的扩增及其遗传进化分析,共扩增出9株PCV2全基因组,进化树分析显示有1株属于PCV2a,4株属于PCV2b,4株属于PCV2d。其中1株与水牛源Buffalo1遗传关系较近,1株与褐家鼠源RN1同具有较近的亲缘关系,2株与褐家鼠源RN2和水牛源Buffalo3亲缘关系较近,1株与PCV2d变异株JS2015亲缘关系最近。对9株病毒的同源性分析显示该研究扩增的9株PCV2全基因组序列的核苷酸相似性在95%~100%之间,而与国内外分离毒株,疫苗株的核苷酸相似性在94.3%~99.8%之间。在PCV3的分子流行病学调查与遗传进化分析中,通过普通PCR共检测出阳性样品为15份(1.56%),其中1份样品为2016年来自吉林省的样品,14份阳性样品为2013~2016年采自广东省的样品。检出时间最早的是2013年珠三角地区的2份阳性样品,其次是2014年珠三角地区的3份阳性样品,再次是粤西地区2015年的3份与2016年的5份。对阳性样品进行全基因扩增,共扩增出2株PCV3全基因序列,全长为2000bp。全基因组序列同源性分析显示与国内外参考毒株的核苷酸相似性在98.7%~100%之间,其核苷酸序列的点突变仅发生在GDBL32013ZSJ毒株的第223位和第330位。对于ORF1序列,本研究所分离的2株毒株ORF1之间核苷酸序列相似性为99.6%,与其他参考株的ORF1核苷酸序列相似性为99.2%~99.7%;本研究所分离的2株毒株ORF1之间氨基酸序列相似性为99.3%,与其他参考株的ORF1氨基酸序列相似性为99.0%~100%;比对其氨基酸序列,结果显示只有GDBL32013ZSJ毒株的第75位氨基酸由H变为Y。对于ORF2序列,本研究所分离的两株毒株ORF2之间核苷酸序列相似性为97.7%,与其他参考株的ORF2氨基酸相似性为97.7%~99.5%;GDBL32013ZSJ毒株在第75、147、153、207、270、469、564和594位发生8个点突变,CCZS2016在第12位和第33位发生点突变。分析其ORF2氨基酸序列,本研究所分离的两株毒株ORF2之间氨基酸序列相似性为98.6%,与其他参考株的ORF1氨基酸序列相似性为98.1%~100%;氨基酸序列比对结果显示只有GDBL32013ZSJ毒株的第157位氨基酸由A变为T。