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甘蓝型油菜(A~nA~nC~nC~n)是我国甚至世界范围内重要的油料作物,但有限的驯化和栽培历史及高强度的人工选择导致其遗传基础较为狭窄。为了扩宽甘蓝型油菜的遗传基础,本实验室通过种间杂交等方法,导入白菜型油菜的A~r基因组和埃塞俄比亚芥的C~c基因组,形成了基因组成分接近为A~rA~rC~cC~c的新型甘蓝型油菜,它们与常规甘蓝型油菜存在着显著的遗传差异,其基因组内存在大量新的遗传变异。为了深入研究这些新的遗传变异及其对农艺性状改良和油菜基因组进化的深刻影响,本研究以这类新型甘蓝型油菜与两个测序品种杂交所衍生的2个作图群体及其亲本为研究材料,开展了基于全基因组测序的基因型分析和高密度遗传图谱的构建和比较,并对其中一个NG3 DH群体开展了产量试验和QTL定位。具体的结果如下:1)利用获得的两个作图群体的全基因组测序数据,以其亲本之一Ningyou7的基因组序列为参考进行SNP calling,分别得到了228万和261万个多态性标记,分为normal、pav和hemi三种类型。根据亲本与群体基因型的差异,将每种类型的标记分为亲本与群体基因型一致和亲本与群体基因型不一致标记。对亲本与群体基因型一致的标记进行了标记密度图谱的展示,结果显示,不同类型的标记在染色体上呈现非均匀的分布,整体来说,符合卡方分离比1:1的normal标记、pav标记和hemi标记可以覆盖整个基因组。2)对NG3 DH群体采用normal标记和A02、C02的pav、hemi标记,筛选、归bin后得到13024个bin标记,用于遗传图谱的构建,得到了包含3798个bin标记(包含11万个多态性标记),含有19个连锁群的遗传图谱,命名为NG3mapV1。对亲本与群体基因型一致符合卡方分离1:1的pav和hemi标记,筛选、归bin后得到11433个bin标记,用于遗传图谱的构建,得到了包含404个bin标记(包含450个多态性标记),含有12个小连锁群的pav/hemi标记遗传图谱,命名为NG3mapV2。又对这两个图谱进行了整合,得到了4080个bin标记(包含11万个多态性标记),含有19个连锁群的整合遗传图谱,命名为NG3mapV3。对TG3 DH群体采用normal标记和A02、C02的pav、hemi标记,筛选、归bin后得到11905个bin标记,用于遗传图谱的构建,得到了包含3813个bin标记(包含37万个多态性标记),含有19个连锁群的遗传图谱,命名为TG3mapV1,暂未对TG3群体中其它连锁群上pav和hemi标记构建遗传图谱。通过NG3mapV1、Ningyou7基因组、TG3mapV1的共线性比较分析,以Ningyou7的基因组序列为参考,发现了6个在NG3 DH和TG3 DH群体中共有的可能存在的易位现象,在两个群体的3个连锁群A06、A09和C09上均发现有潜在的倒位现象。3)我们在武汉和甘肃两个地区开展了NG3 DH群体的产量试验,分别考察了14个和4个性状。利用NG3mapV3,采用复合区间作图法对每个性状进行了QTL定位,共检测到了96个控制这些性状的QTL,它们各自解释的表型变异方差在2.7%-17.7%间浮动。3个QTL位于遗传图谱中的pav和hemi标记区域;在武汉半冬性环境和甘肃春性环境下,分别检测到了57个和39个QTL。本研究结果为后续开展这些群体遗传图谱的优化、比较遗传图谱分析和QTL定位比较,捕捉三个亲本间存在的结构变异及其对性状变异的影响奠定了基础。