缺血再灌注损伤HK-2细胞mRNA m~6A表达谱变化

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目的:应用基因芯片检测技术探讨人肾小管上皮细胞(HK-2)缺血再灌注(Ischemia Reperfusion,IR)损伤后mRNA m6A(N 6-m e t h y l a d e n o s i n e)表达谱的变化,以推测mRNA m6A是否参与HK-2细胞IR损伤过程,为进一步研究探讨急性肾损伤(Acute Kidney Injury,AKI)的发病机制提供依据。方法:以HK-2细胞作为研究对象,予钙离子载体(A23187)、抗霉素A及2-脱氧葡萄糖体外诱导HK-2细胞IR损伤,来模拟体内肾小管上皮细胞IR损伤状态,构建HK-2细胞IR细胞模型,实验分组:(1)正常对照组(C组)(2)缺血再灌注组(IR组),再根据再灌注的时间点分为5个亚组:0h、6h、12h、24h、48h,分别用细胞增殖及细胞毒性实验检测(CCK-8)和流式细胞分析仪检测HK-2细胞IR损伤过程中细胞活性、凋亡变化情况,并根据CCK-8及流式细胞分析仪检测结果确定IR损伤后细胞凋亡最显著的时间点,分别提取对照组及IR组(由CCK-8及流式细胞分析检测结果确定凋亡最明显的亚组)细胞中的RNA进行甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)后,与微阵列mRNA&lncRNA转录表位芯片(8x60K,Arraystar)杂交,经安捷伦G2505C扫描分析后结果,检测IR损伤细胞RNA m6A表达谱,使用Agilent软件提取原始数据,取log2平均值进行标准化后筛选差异表达的mRNA进行分析,较对照组升高≥1.5倍者差异有统计学意义(P<0.05)的mRNA认为是m6A差异表达的mRNA。m6A芯片结果综合分析使用DAVID对差异表达mRNA的功能进GO富集功能进行分析其分子功能、细胞组成、生物学过程以及KEGG分析预测差异性甲基化修饰的mRNA参与急性肾损伤可能涉的信号通路。结果:根据CCK-8各组的OD值进行换算,可知IR12h细胞存活率最低为(17.53±0.91)%(P<0.05);流式细胞分析检测结果也显示IR12h细胞凋亡率最高为(81.80±1.80)%(P<0.05),可知HK-2细胞缺血再灌注损伤后12h(IR12h)为细胞损伤的最高峰时间点(P<0.05),进一步提取对照组和IR12h组细胞中的RNA进行m6A RNA免疫沉淀(MeRIP)后,采用微阵列mRNA&lncRNA转录表位芯片(8x60K,Arraystar)检测IR损伤细胞RNA m6A表达谱,共检测到两组间存在235个mRNA m6A水平发生改变(Foldchange≥1.5且P<0.05,FDR<0.05),其中P、FDR值越低或Foldchange(取log2平均值进行标准化)越高表示该基因在两组间m6A差异统计意义就越好,在其中高m6A修饰占95.7%(225/235),其中低m6A修饰点占4.3%(10/235),其中1.52倍升高的mRNA共202条,23倍升高的mRNA共有19条,3倍以上升高的mRNA共有4条,1.5倍以上降低的mRNA共10条,2倍以上降低的mRNA共有0条。根据差异性m6A修饰基因,对其水平值进行聚类分析发现IR12h组较对照组存在更多高m6A位点,而对照组存在较多的低m6A位点,根据GO和KEGG分析可知m6A修饰差异基因可能主要通过Notch和MAPK信号通路参与HK-2细胞IR损伤。结论:缺血再灌注后12h细胞损伤最明显,mRNA m6A表达谱提示mRNA m6A可能参与HK-2细胞IR损伤过程,且主要以mRNA m6A修饰上调的方式参与,KEGG富集分析提示mRNA可能通过m6A修饰上调调控MAPK和Notch信号通路诱导HK-2细胞凋亡参与AKI的发生。
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