生物信息学的主要任务是利用信息处理方法揭示海量生物学数据中蕴涵的生物学意义、探索生命活动的奥秘。生物基因组中存在大量的非编码区序列，这些序列中包含许多未知的生物功能或信息，对它的结构进行分析已成为生物信息学研究最重要的课题之一。　　 论文通过对Y染色体NC-DNA结构比较分析的研究，寻找非编码区中具有“锤头结构序列+串联重复序列”的模式结构，探索其中可能具有的生物意义。主要研究的内容和取得的成果如下：　　 (1)通过对生物信息数据库结构的分析，根据ncbi上获取非编码区序列的方法，使用VC++网络编程技术，设计并实现非编码区序列智能下载工具，方便快捷地在Oracle中建立Y染色体NC-DNA本地二级数据库。　　 (2)对串联重复序列识别算法进行研究，结合非编码区的特点，使用DC3算法构建后缀数组，结合最长公共前缀识别精确的串联重复，并使用回绕动态规划对其进行扩展，实现模糊串联重复识别。使用“变异度”来衡量模糊串联重复序列的有效性。该算法能够快速有效地识别出基因中满足给定条件的串联重复序列。通过实验数据说明算法的效率和作用。　　 (3)研究锤头型核酶结构特点，自行设计算法实现了“疑似锤头结构”序列搜索。使用该算法能够找到具有一定锤头数目的疑似目标序列。　　 (4)设计并实现了对人类、小鼠和黑猩猩Y染色体NC-DNA序列进行分析的原型系统，并对结果进行了可视化，测试结果表明，论文所采用的研究方法可行，达到了预期目的。