在我国,征管税收是海关与税务机关的工作职责和职能义务。征管关税、进口环节的增值税和消费税是我国海关的日常工作任务之一。税务机关则负责征收纳税人在国内各个纳税环节的增值税和消费税,由此产生了海关税收与国内流转税。不管是海关税收还是国内流转税,纳税人对这两类税收都不陌生,纳税人在生产、生活的各个环节中都有可能产生相应的纳税义务。海关税收与国内流转税既有联系又有区别。两者之间存在重叠的税种,这些税种又由不同的政府部门进行征管。如果海关和税务机关因为征管、执法的不同产生了不协调之处,容易使纳税人感到无所适从,还可能导致纳税人的权益受到影响。本文的中心旨在,通过比较海关税收与国内流转税的联系、差异,找出两者的不协调之处,探索实现两者协调的方法,以维护纳税人的权益。本文通过阅读大量文献,分别界定了海关税收与国内流转税的定义,找出了海关税收与国内流转税两大重叠税种——增值税和消费税,并对两者协调的实质做出了解释。在此基础上,对两者协调的理论原则做出了阐述。为研究海关税收与国内流转税的协调,本文首先简单介绍了海关税收与国内流转税的现状。紧接着对两者的联系和差异做出了比较分析。笔者比较发现,海关税收与国内流转税在税收要素、税收收入、法律依据上都有着密切的联系。而在差异方面,海关税收与国内流转税在实体税制和程序税制中各有差异。其中,在实体税制上,海关税收与国内流转税在增值税纳税人的划分、增值税的计税价格、增值税的扣税凭证、汇率、税率、特许权使用费等方面有着不同;在程序税制上,两者在延期缴纳税款、税收保全、偿还多征税款期限、滞纳金的追征期限、行政处罚的期限等方面也存在着区别。在对海关税收与国内流转税进行了简单的分析之后,本文通过利用案例分析的方法,对纳税人选择行为、消费税的税率、重复征税等三类问题进行了分析,分析显示海关税收与国内流转税在以上三个方面确实存在不协调的问题,不利于保障纳税人的权益。在文献梳理和研究分析的基础上,本文认为,海关税收与国内流转税可以从完善税制内容、衔接税制关系、跨部门交流合作、完善涉税服务等方面进行协调,达成两类税制的平衡与统一,以维护纳税人的权益。