黄鳝是一种具有重要经济价值的淡水鱼,在其生命过程中经历天然性逆转,即幼年黄鳝多为雌性,经过排卵后转变为间性,进而分化为雄性。这种特殊的性别分化模式为我们提供了研究脊椎动物性别发育的宝贵材料。黄鳝基因组核型为2n=24,是硬骨鱼中染色体数目最少的物种,因此,黄鳝在脊椎动物全基因组进化的过程中具有重要的地位。在黄鳝全基因组测序草图完成的基础上,本研究利用荧光原位杂交技术,对基因组草图序列进行了全基因组范围的拼装,构建了全基因组精细物理图谱,进一步利用黄鳝性腺转录组数据寻找到性别发育相关基因的染色体分布模式,取得的主要结果如下：1.利用双色和三色荧光原位杂交技术,以黄鳝基因组BAC克隆和PCR合成片段作为探针,确定了186个Scaffolds在染色体上的位置,完成了草图中550Mb序列的拼装和定位,约占测序序列的80%。确定了12条连锁群,对应12条染色体,并按照拼装长度从大到小的顺序,定名为黄鳝1到12号染色体,长度依次为75.9 Mb、65.1Mb、51.6 Mb、51.2 Mb、50.1Mb、48.1Mb、42.4 Mb、42.0 Mb、41.9 Mb、35.0 Mb、29.3 Mb、22.8 Mb。整合测序信息,总共定位了18,660个编码基因,每条染色体上的基因数与染色体长度正相关。2.采用RNA-seq对三种性腺组织转录组进行了测序,对差异表达基因的分析表明,在性逆转过程中,基因表达发生了大范围变化,总体表达基因数和表达量呈现上升的趋势。对性逆转过程的两个发育时期,即雌性到间性和间性到雄性发育阶段,表达上调基因和下调基因分别进行了染色体间的对比分析,没有发现某一条染色体的表达在性腺的转变过程中占有主要作用。进一步分析差异表达基因在染色体不同区域的分布情况,发现其在不同染色体区段中所占总基因的比例不同,形成不同程度的聚集区域。对这些聚集区域的差异表达基因进行GO分类富集分析,基因功能显著富集在信号传导、组织细胞的发育分化以及物质代谢等过程中,提示了这些聚集区的差异基因可能参与了性别转化。黄鳝全基因组精细物理图谱的构建,对于从DNA水平和染色体水平研究黄鳝性逆转机制,以及研究脊椎动物的全基因组进化过程具有重要意义。黄鳝性别发育相关基因的染色体分布模式,为脊椎动物性染色体的进化及性逆转机制的研究提供了重要的参考。