采用16S rDNA克隆文库技术对位于武汉市少潭河水库养殖基地三种养殖模式水体中的细菌多样性以及微生态制剂(枯草芽孢杆菌和沼泽红假单胞菌)对水体中的细菌多样性的影响做了研究。根据放养鱼所占比例,将养殖模式分为模式1(MSH1)、模式2(MSH2)和模式3(MSH3)。3种模式中草鱼、鲢、异育银鲫是基础类群,而鳙鱼和匙吻鲟在不同模式中所占比例不同。结果表明：1.三种养殖模式水体中细菌16S rDNA克隆文库的序列分布于10个以上菌门,分别是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、梭杆菌门(Fusobacteria)和OP10等。2.多样性分析显示：MSH2的克隆文库多样性指数优于MSH1和MSH3,MSH3又优于MSH1。即水体中细菌的多样性随着鱼类多样性的增加而增加。3.草鱼为主养品种的池塘水体中蕴含丰富的细菌多样性。其中Proteobacteria是第一优势菌群,分别占三种模式总细菌的26%、22%和42%,它的亚群Betaproteobacteria(10%,10%和22%)是优势亚群,Bacteroidetes是第二优势菌群,分别占18%,22%和26%。4.水体中投放了沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris)和枯草芽孢杆菌(bacillus subtilis)之后,各样品的克隆文库中包含的菌门较加菌前增加了厚壁菌门(Firmicutes)。5.3个时间点样品的克隆文库序列所分布的优势菌门与7号对照组一样,均为Proteobacteria、Bacteroidetes和Cyanobacteria。这3个优势菌门在8号和9号样品中所占比例随时间的变化呈上升趋势。这表明枯草芽孢杆菌和沼泽红假单胞菌使得水体中菌落结构趋于简单化,优势菌群更加优势。