21世纪是生命科学的世纪,是知识经济的时代。全球生命科学技术在呈现大爆炸式的发展。随着人类基因组计划及生物信息学,生物芯片,药物筛选技术的快速发展,各种新兴的生物技术已经广泛应用于医疗,生物学检测,生物制药,生物加工,环境保护等领域,并对其产生了深刻的影响。而生物技术也被认为是中国未来最有希望能够参与世界竞争并占有一席之地的关键领域。其相关技术的知识产权是该领域至关重要的财产,也是企业提高市场竞争力的基石。但是生物技术产品具有研发周期长,投入高,风险大的特点,将产品由自行研发,生产到推向市场需要巨大的时间成本和资金成本,与此同时大专院校,科研院所等一些机构在科学研究过程中产生的生物技术类的专利技术亟需产业化,于是双方进行合作研究或专利交易就成为了市场所趋。但是由于我国企业长期对知识产权管理的漠视,加上缺乏专业的知识产权管理人才,使双方在专利技术交易时缺乏专业的指导和有效的管理。如何保障生物技术企业专利交易合作顺利进行,如何评价专利技术交易项目能否达到合作预期,不仅是生物科技发展所必需的,更是知识产权管理方面的一个新课题。本文首先对生物技术企业建立专利技术交易管理体系的背景和意义进行剖析,并详细阐述了生物技术产业特点,知识产权管理,项目管理,流程管理等相关管理理论,为构建管理体系打下理论基础。其次以某生物技术企业为例,分析了其在传统知识产权管理下专利交易阶段一系列的问题,并对其产生问题的原因进行了分析,从而阐明了研究生物技术企业在进行专利技术交易阶段管理的必要性。依据某生物技术企业管理模式及特点,利用流程管理、项目管理和模糊综合评价法的思想构建专利技术交易项目流程管理体系、相关保障体系和绩效评估体系；最后对某生物技术企业专利交易项目进行体系的实证研究,找出需要改善的因素,帮助生物技术企业提高其知识产权交易管理水平。本文从企业管理的角度对专利技术交易项目管理开展了研究与创新,并为其他企业知识产权交易管理工作的实际操作提供了切实可行的参考。