“十三五”期间,我国中小企业飞速发展,为促进就业、改善民生提供重要支撑。与2015年相比,中小企业在包括营业收入、资产总额在内的各方面稳步提升。作为技术创新的主力军,中小企业为推动技术进步、建设创新型国家做出巨大贡献。然而,新冠疫情的爆发给中小企业发展带来巨大挑战。我国虽然最先控制住疫情,但进入后疫情时代,中小企业如何在疫情防控常态化的情况下抓住机遇,实现创新发展是一个亟需解决的问题。合作创新为中小企业提升创新能力提供了有效途径。随着合作创新的开展,中小企业需要对合作创新效率进行有效评价。基于此,本文以中小企业为研究对象,对其合作创新绩效进行评价并提出建议。本文对国内外专家学者关于中小企业创新绩效评价指标的研究成果进行梳理,并结合中小企业合作创新特征,初步设定了82个指标;然后运用主成分分析法和独立样本T检验对初步设定的指标进行筛选,得到包含36个指标的中小企业合作创新绩效评价指标体系。并利用层次分析法确定各指标权重,反映各指标对合作创新绩效的影响程度,同时建立模糊综合评价模型,用来评价中小企业合作创新绩效。通过对新三板同一行业的10家样本企业进行合作创新绩效评价,发现所构建的指标体系和数学模型能够对中小企业合作创新绩效进行有效评价。最后本文针对中小企业合作创新过程中存在的问题提出促进中小企业合作创新的建议:加强合作创新深度、谨慎选择合作对象、构建有利于合作创新的企业氛围、构建长效稳定的合作机制、建立健全人才激励机制。本文丰富了合作创新理论的研究,为中小企业提升合作创新绩效提出建议。