半日花(Helianthemum Soongoricum)是半日花科的一种半灌木或灌木,我国内蒙古和新疆有两种分布,分别是内蒙古半日花和新疆半日花,由于种群数量稀少,现已被国家列为二级保护植物。开展半日花种群遗传多样性和谱系地理结构的研究,对于揭示内蒙古、新疆荒漠植物区系和地中海植物区系的起源、迁移以及演化具有重要意义。本研究采用cpDNA的2个非编码区对半日花的遗传多样性和谱系地理结构进行了研究,主要研究结果如下:(1)基于trnc-ycf6、psbj-peta以及两个片段联合分析,内蒙古各种群总遗传多样性高于新疆各种群,且Fst(0.9583、0.96030、0.98160)都达到了显著差异水平,半日花种群间的变异大于种群内的变异,遗传变异主要存在于种群间。且Nst>Gst,表明半日花种群间存在谱系地理结构。(2)对半日花种群的错配分析和中性检测的结果来看,半日花在历史上经历过明显的群体扩张。单倍型最大简约树和网络状图分析表明半日花种群有明显的地理分布格局。(3)单倍型和BEAST分析表明,半日花大约在2.0296-2.5525百万年间分化为内蒙古支系和新疆支系,两个支系分化后独立进化,从而形成了现代的分布格局。半日花谱系地理学分析结果支持将内蒙古种群另立为一新种的观点。(4)建议在内蒙古增加千里沟自然保护区和新疆伊犁自然保护区,对于人为开发生境破坏严重的地区可以考虑进行迁地保护。