现行《中华人民共和国土地管理法》（以下简称《土地管理法》）规定的土地征收补偿项目中,农村土地承包经营权并未作为单独的征收补偿项目,土地承包经营权人亦未被纳入到征收关系的主体范围之内,只是作为集体成员的一份子参与土地补偿款的分配,而未能获得该权利本身的补偿,使得现有的征地补偿难以弥补失地承包农户的权利损失,严重侵害其财产权益,由此引发的征地矛盾难以调和。本文从土地承包经营权于集体土地征收中的补偿地位切入,分析其作为一项用益物权获得独立补偿的理论依据。征收补偿,从一般意义上理解,先有征收,后有补偿,因此,现有理论大都从征收对象的角度切入论证补偿的必要性,简言之,只有作为征收的对象,才能获得补偿。一直以来,学者倾向于从权利征收的角度否认土地承包经营权的独立补偿地位,因征收属于原始取得,地上他项权利并非征收的对象,故无法作为土地征收的补偿对象;农户个体的土地承包经营权一直被集体的土地所有权所吸收,实行“统一征收,一体补偿”,土地承包经营权作为一项独立物权的价值未能得到充分补偿。上述观点,其实模糊了征收与补偿的对象,我国法律规定的土地征收对象表述均为集体土地,而非土地所有权,征收的对象是权利的客体,而不是权利。因土地这一权利客体的征收导致土地上原有权利的消灭,包括所有权和用益物权等他物权,因而需要对消灭的权利予以补偿,也即是说,征收的对象是集体土地,补偿的对象才是权利,土地承包经营权作为一项物权于集体土地征收中获得独立补偿,并不存在理论上的障碍。因此,本文重点论证的,在于承包经营权人参与补偿的路径以及最终能获得的补偿结果之差异。土地承包经营权是否能获得独立补偿,将直接影响其参与征收补偿款的分配路径,在承包人只能向作为发包人的集体主张合同利益、作为征收利害关系人参与二次分配的场合,显然其实体与程序利益均无法在土地征收中得到有效保护。因此,基于农民的利益保护,应赋予土地承包经营权独立的补偿地位,强化承包人于征收中的权利补偿及相应的程序性权利,并在此基础上探究三权分置背景下土地经营权流转后征收补偿费的归属及对现有征收补偿程序的完善建议。