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酸马奶是盛行于我国内蒙古、新疆以及蒙古国和中亚地区的一种特种发酵乳制品。到目前为止,酸马奶的制作仍然是采用自然发酵的传统工艺。自然开放式的发酵过程造就了酸马奶蕴藏着丰富的微生物资源,特别是乳酸菌资源。为了更详细的解析马奶在发酵和非发酵状态下细菌群落结构,本研究采用纯培养方法与PacBio SMRT测序技术结合对新疆伊犁地区鲜马奶和酸马奶细菌多样性进行了分析。本次采集自新疆伊犁地区的鲜马奶和酸马奶样品乳酸菌活菌数在6.00×104 CFU/mL～9.20×108 CFU/mL范围之间。从42份样品中分离到246株乳酸菌分离株,经16S rRNA基因序列比对,将所有分离株分别归属于乳酸菌的6个属20个种及亚种。其中Lactobacillus helveticus为本次样品分离到的优势菌种,所占比例达32%。鲜马奶中以Lactococcus、Leuconostoc和Streptococcsu等球菌为优势菌群,占其分离株的86%;酸马奶中以Lactobacillus为优势菌群,占其分离株的76%。可见,鲜马奶和酸马奶中分离的乳酸菌菌株组成有显著差异。基于PacBio SMRT测序分析显示,42份样品中鉴定出18个细菌门、306个细菌属的550个细菌种,其中优势细菌门为Firmicutes,优势菌属为Lactobacillus、Lactococcus、Staphylococcus和 Streptococcus,优势菌种为 Lactobacillus helveticus、Lactococcus lactis、Lactobacillus kefiranofaciens 和 Streptococcus thermophilus。通过PCoA分析发现鲜马奶和酸马奶细菌群落结构存在显著差异(p<0.05),鲜马奶的细菌多样性显著高于酸马奶。在个别鲜马奶中还存在Staphylococcus aureus(3.03%)等条件致病菌,而酸马奶中未检测到,可能是随着发酵的进行,乳酸菌快速生长成为优势菌种,pH值降低,同时产生的活性物质抑制了条件致病菌等有害细菌生长。由此可见,鲜马奶中的细菌组成对酸马奶的细菌菌群结构具有重要影响。本研究通过纯培养和PacBio SMRT测序方法结合能够更详细的了解酸马奶及其原料中的细菌多样性,为传统酸马奶的品质改良和工业化生产提供可借鉴的理论指导。