高血压相关基因生物数据库平台的构建

来源 :青海师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:muyanger280
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高血压是一种复杂的疾病,随着高血压疾病发病率的增加,高血压以及高血压的并发症严重威胁人类的健康。因此提高人们对高血压疾病的重视,对高血压疾病的早预防、早治疗起到关键的作用。随着生物学领域的不断发展,生物数据的不断增加,从而使大型数据库的数据量不断增长,增加了获得数据难度。为了方便研究人员更快捷高效的获得需要的数据,就要建立本地二级数据库,然后将整合相关的数据存放到本地数据库里。通过对高血压的数据与生物数据库的认识,关于高血压的相关生物数据库也比较少,内容也不够完整,为了能使高血压的数据库不断的更新与完善,将相关基因的数据存放到数据库中,可以通过搜索得到高血压的相关数据,所以设计高血压相关基因的生物数据库来存储这些相关数据,通过高血压数据库的平台,可以更好的获得相关基因数据,从而对高血压数据进行的相关分析研究提供方便。本文针对高血压疾病的研究,建立了本地二级数据库,高血压相关数据主要来自于网络数据库NCBI和实验采集获得的数据,根据高血压相关基因数据的属性特征,设计数据库模块,主要分为基本生物信息库和snp数据库两个模块,为每个数据库创建相关的数据表。高血压相关基因的数据库创建是在Linux操作系统下,搭建集成开发环境Xampp,该环境是Apache服务器,My SQL数据库和PHP编程语言等的集成,基于CS技术上创建以My SQL为基础的关系型数据库,将相关数据导入到数据表中,通过用PHP等相关的编程语言来实现对数据库的关键词的检索,而且该数据库也整合了Blast的搜索方法进行数据的相关检索,使创建的高血压相关数据库得到更好的应用。Bio Linux系统下搭建Bio Mart分析平台,配置Java环境,Cytoscape、JBrowse等分析软件的研究与应用。对样本采集数据进行了基因筛选、基因确定的分析操作和高血压相关数据的分析,对HIF1a基因序列用perl语言编程来实现genbank内容的可视化,对相关的基因序列进行序列比对来分析序列之间的相似性,通过对基因利用相关软件以及一些方法来进行分析,使我们对生物信息学的相关知识有了更好的认识。
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