20世纪80年代以来，非营利组织在全球范围内高速增长，成为世界各国政治经济生活中一次重大的社会变革。随着中国政府改革和市场经济步伐的加速，非营利组织在政治、经济和文化方面的地位越来越突出，成为构建和谐社会不可或缺的重要组成部分。然而伴随非营利组织在中国的发展，其治理薄弱的问题越发凸现出来。非营利组织组织内部治理不完善，外部监督不到位的问题普遍存在，严重制约了非营利组织的健康成长。这与国内非营利组织治理理论研究滞后有一定原因。本研究从经济学和管理学为理论支撑，探讨中国制度环境背景下再造非营利组织治理的结构，通过非营利组织整体性治理结构的研究，为探讨中国非营利组织的治理提供理论参考。论文以中国非营利组织的特定生长环境为背景，分析了当前非营利组织治理的困境。中国非营利组织的制度背景和非营利组织的公益性质决定了外部治理是非营利组织治理结构的重要组成部分。本研究借助委托——代理理论、产权理论、治理理论等理论，分析了非营利组织治理结构与发展环境的关系，内部治理与外部监督治理的关系，建立了完整的治理理论逻辑体系，为研究中国非营利组织整体性治理结构搭建分析框架和理论依据。科学规范的治理结构是提高非营利组织的运作效率和社会效果的前提。研究首先从非营利组织整体性治理结构框架的构建展开，集中在非营利组织的内部治理和外部监督治理两个视角进行论述；论文探讨了转型期中国非营利组织治理制度环境不完善，在规范内部治理结构的同时，将外部监督治理纳入非营利组织治理结构范畴的理论构想。非营利组织的外部监督治理是中国特定生长条件下成长的非营利组织的治理效果能否实现的重要条件。内部治理和外部监督治理共同构成了中国非营利组织完整的治理结构，缺一不可。同时，论文针对非营利组织激励机制中的重视精神激励，忽视物质激励和过程激励的问题，提出薪酬激励及过程激励对提高非营利组织治理效果重要性，并对此展开了分析和探讨。研究中将激励熵应用于非营利组织的激励机制，为拓展非营利组织的激励研究提供新的思路。论文创新性地建立了非营利组织整体性治理结构评价体系，并构建了治理有效性评价模型。研究改变了以往非营利组织评价中只有绩效评价而没有治理评价的状况。研究采用数据包络分析方法对非营利组织的整体性治理结构进行动态评价，推动了治理评价研究的同时丰富了非营利组织评价方法。论文以黑龙江省公益基金会作为背景材料，借助治理有效性分析，消除由于客观基础条件的优劣对不同基金会治理行为造成的影响，反映出由于各基金会在整体性治理中努力程度不同而产生的差别，为实现非营利组织的优胜劣汰和健康发展提供评价的理论依据。论文针对非营利组织整体性治理结构问题展开的研究，结合管理学、经济学、行为学及数学等学科的研究资料和研究成果，采取文献研究、规范研究和实证研究相结合的方法，借鉴国内外非营利组织治理经验和探索，旨在为相关领域研究的深化提供理论借鉴和参考。