【摘 要】
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目的:在感染性疾病病原体鉴定诊断中,二代测序（NGS）相对于传统病原学鉴定方法如培养、镜检、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）、病理活检检出率较高,耗时缩短,但该诊断技术在临床实践中解读结果困难,对其诊断价值尚无统一认识。本研究旨在利用系统评价评估NGS在肺炎诊断中的灵敏度、特异度和与传统病原体鉴定方法的一致性。方法:检索Pubmed、中国知网、维普、万方中文数据库。按照纳入和排除标准筛选各数据库
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目的:在感染性疾病病原体鉴定诊断中,二代测序（NGS）相对于传统病原学鉴定方法如培养、镜检、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）、病理活检检出率较高,耗时缩短,但该诊断技术在临床实践中解读结果困难,对其诊断价值尚无统一认识。本研究旨在利用系统评价评估NGS在肺炎诊断中的灵敏度、特异度和与传统病原体鉴定方法的一致性。方法:检索Pubmed、中国知网、维普、万方中文数据库。按照纳入和排除标准筛选各数据库建库至2020-03-05期间公开发表的关于NGS在肺炎病原体诊断方面的研究。对提供临床诊断对比数据的纳入文献提取2×2四格表数据,即真阳性（TP）、假阳性（FP）、假阴性（FN）、真阴性数（TN）以评估其灵敏度和特异度。对比较传统病原学检测方法的文献,提取NGS阳性数、传统方法阳性数和NGS鉴定的病原体与传统检测方法相同数以评估NGS阳性一致率和传统方法阳性一致率。使用QUADAS-2工具进行质量分析,stata13.0软件进行meta分析。结果:本篇meta分析一共筛查文献2211篇,纳入8篇文献,累计369样本量。共2篇文献提供临床诊断数据,合并NGS灵敏度为88.24%（95%可信区间（CI）:82.78%-92.13%）,合并的特异度为80.78%（95%CI:70.12%-88.28%）。共7篇文献提供NGS对比传统病原学鉴定方法结果,NGS阳性一致率异质性检验I~2=79.2%,合并NGS阳性一致率为37.5%（95%CI:18.6%-58.5%）,代表37.5%NGS阳性结果与传统病原学检测鉴定的病原体一致。传统阳性一致率异质性检验I~2=74.5%,合并值为60.3%（95%CI:35.1%-83.3%）,代表NGS可正确鉴定出60.3%传统方法阳性结果的病原体。对研究人群国家分布、年龄、采样前是否应用抗生素、免疫抑制状态、是否重症监护室（ICU）患者、传统检测方法数量亚组分析中未发现异质性来源。应用3种传统检测方法时NGS阳性一致率是66.5%,显著高于1种传统检测方法（P<0.001）。应用3种传统检测方法时传统阳性一致率是88.4%,显著高于1种传统检测方法（32.9%）和2种传统检测方法（61.8%）（P值均<0.0167）。结论:（1）NGS具备较高的灵敏度和特异度,对辨别肺部感染和非肺部感染患者的效能较好。（2）NGS对肺部感染病原体的诊断性能不太高,一方面体现在NGS阳性的样本中与传统鉴定方法一致性偏低,另一方面体现在NGS能正确识别传统鉴定方法可检出的病原体的比例属于中等水平。通过应用多种传统方法可提高NGS和传统方法病原体鉴定之间的一致性。
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