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金花茶植物隶属于山茶科山茶属,其花瓣花冠呈金黄色并具有蜡质,鲜润艳丽,艳冠群芳,是世界上著名的观赏植物,曾被誉为“茶族皇后”。目前,我国共发表了三十多个金花茶分类群,在分类处理上,各研究者的观点不一致。为解决金花茶植物分类不统一的问题,许多研究者已从形态学和分子生物学方面开展了部分研究,但资料比较零散,且所涉及的物种也不够全面,使人们对金花茶的认识还不够统一。本研究采用叶绿体小单拷贝(small single copy, SSC)序列对金花茶植物的系统发育关系进行研究,揭示金花茶植物的亲缘关系,进一步为金花茶植物的分类鉴定和保护提供理论依据。本研究得到以下结论：(1)金花茶植物的SSC序列长度为18 172～18 275 bp,包含14个基因：ndhF, rpl32, trnL-UAG, ccsA, ndhD, psaC, ndhE, ndhG, ndhI, ndhA, orf188, ndhH, rps15和vcf1; SSC序列有明显的A/T偏向性,AT含量高达69.4%；各碱基的组成平均含量分别为A: 34.6%, T:34.8%, G:14.5%, C:16.1%.(2)系统发育树(BI、MP和NJ)的拓扑结构显示：整个金花茶植物大致可以分成5支,每棵树各分支的物种组成和结构基本一致且得到较好的支持,Clade Ⅰ (PP=1.00/99.6/99.6)、Clade Ⅱ (PP=1.00/99.7/100.0)、Clade Ⅲ (PP=1.00/94.7/98.4)、Clade Ⅳ (PP=1.00/96.5/94.7、CladeⅤ (PP=1.00/90.8/93.3).金花茶植物的系统发育结构整体上与地理分布有密切联系,地理分布相同或相近的物种,亲缘关系也较近。Clade Ⅰ中包括金花茶(C. chrysantha)、小果金花茶(C. nitidissima var. microcarpa)、中华五室金花茶(C. quinqueloculosa)、直脉金花茶(C multipetala var. patens)、多瓣金花茶(C. multipetala)和武鸣金花茶(C. wumingensis),主要分布于广西南宁、扶绥、崇左和武鸣；支系内部各物种的系统发育关系也与地理分布有密切的关系,其中南宁邕宁分布的小果金花茶、潭洛分布的金花茶和扶绥县凤凰山分布的金花茶构成一支,扶绥分布的中华五室金花茶、直脉金花茶和多瓣金花茶构成一支,武鸣分布的武鸣金花茶自成一支。Clade Ⅱ中包括防城金花茶(C. nitidissima)、东兴金花茶(C. tunghinensis)和显脉金花茶(C. euphlebia),主要分布于十万大山以南的防城地区。Clade Ⅲ包括小花金花茶(C. micrantha)、夏石金花茶(C. xiashiensis)、毛籽金花茶(C. ptilosperma)、薄叶金花茶(C. chrysanthoides)和小瓣金花茶(C.parvipetala),分布于宁明。Clade IV由贵州金花茶(C. huana)、天峨金花茶(C. tianeensis)、毛瓣金花茶(C. pubipetala)和顶生金花茶(C. pingguoensis var. terminalis)组成,分布于贵州、广西天峨、天等、隆安和大新的石灰岩山地；贵州与广西天峨分布的贵州金花茶和天峨金花茶的亲缘关系较近,广西天等、隆安和大新分布的毛瓣金花茶和顶生金花茶的亲缘关系较近。Clade V包括淡黄金花茶(C. flavida)、凹脉金花茶(C. impressinervis)、弄岗金花茶(C. longgangensis)、大样弄岗金花茶(C. grandis)、陇瑞金花茶(C. longruiensis)和龙州金花茶(C. longzhouensis)、分布于龙州的石灰岩地带。簇蕊金花茶(C. fascicularis)的地理分布与其他金花茶距离较远,分析结果表明它与其他金花茶的亲缘关系较远。分布于越南的黄抱茎金花茶(C. murauchii)、C. hirsuta和越南抱茎山茶(C. amplexicaulis)构成一小支(1.00/69.8/73.5),这三者的亲缘关系较近。但并不是所有分布相同或相近的物种都聚成一支,如：柠檬黄金花茶没有与具有同域分布的Clade Ⅴ支的物种聚成一支,分布于广西扶绥县的中东金花茶也没有与其他近同域分布的Clade Ⅰ支的物种聚成一支。(3)对各分支内部亲缘关系进行分析,结果表明小花金花茶、夏石金花茶、薄叶金花茶和小瓣金花茶的亲缘关系较近,支持将这5种归并为薄叶金花茶；对于毛籽金花茶,叶绿体序列接近薄叶金花茶类,而ITS区序列接近淡黄金花茶类,推测它可能是薄叶金花茶与淡黄金花茶种间杂交的结果。龙州金花茶与薄叶金花茶的亲缘关系较远,但与淡黄金花茶、弄岗金花茶、大样弄岗金花茶、陇瑞金花茶有较近的亲缘关系,支持将它们归并为淡黄金花茶。顶生金花茶与平果金花茶的亲缘关系较远,支持将顶生金花茶作为一个种的处理。离蕊金花茶和其他金花茶的亲缘关系较远,说明离蕊金花茶是一个独立的好种,天峨金花茶和贵州金花茶的亲缘关系较近应归并为一种。中华五室金花茶、直脉金花茶和多瓣金花茶之间有相对较近的亲缘关系,而武鸣金花茶与它们的亲缘关系相对较远,支持将武鸣金花茶作为一个独立种,将其他三种归并为一种。崇左金花茶和四季金花茶亲缘关系较近,支持将它们归并为一个种。