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植物激素茉莉酸(Jasmonate,JA)通过诱导转录重编程调控了植物的防御反应和生长发育。JA诱导的基因转录由其核心转录因子MYC2调节。植物为了适应不断变化的环境压力,需要平衡生长发育和抗性反应,这依赖于MYC2对基因转录的精细调控。转录增强子是控制基因转录时空特异性和精准表达的顺式作用元件。细胞在受到信号刺激时,在增强子元件上组装基因转录调控复合体,实现对基因转录的调节。我们以拟南芥为模式的前期研究发现,受到JA刺激时MYC2在基因组范围内生成JA增强子元件(JAEs)控制靶基因转录。在番茄中发现MYC2利用层级转录调控模块,通过次级转录因子调控抗性基因表达。然而,关于在全基因组范围内JA增强子元件如何参与JA诱导的基因转录调控网络,并特异的调控基因转录仍然没有得到解析。构建JA信号中转录调控网络,并鉴定JA特异的转录增强子元件,对于理解植物中JA介导的防御反应具有重要意义。针对于上述问题,本研究以番茄为模式通过RNA-seq和Ch IP-seq分析构建JA诱导的基因表达调控网络,并鉴定了番茄中JA途径特异的转录增强子。本研究主要结果如下:(1)通过分析伤害诱导的转录组数据鉴定了3,563个伤害响应基因。其中,上调表达的基因有1,812个,显著下调的有1,512个。功能富集分析结果表明茉莉酸调节伤害响应过程并且涉及多激素信号通路的参与。(2)构建了伤害响应基因的转录调控网络。通过时间序列聚类分析,将上述转录组中共表达的基因分成为11个族类。分析每一族类基因的启动子区保守基序(motif),发现不同族类基因启动子富集的motif不同。这些motif主要是MYB、NAC、TCP、AP2以及AUX/IAA类转录因子的结合位点。综合转录因子与差异表达基因启动子区的motif元件分析预测了伤害反应过程中MYC2为核心的基因表达调控网络。(3)分析MYC2的ChIP-seq数据,发现MYC2不仅在靶基因的启动子上富集,还在靶基因的非启动子区显著富集。将MYC2在非启动子区的靶点定义为番茄JA增强子(JAEs),经鉴定,在MYC2的靶基因中共有395个基因存在JAEs增强子元件。基因功能富集分析发现,番茄中JAEs主要控制了伤害响应基因表达、JA合成和碳水化合物的代谢。