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目的探讨RUNX3基因在肝癌组织及其癌旁组织中mRNA和蛋白表达情况,并分析其与临床病理因素的相关性,进而研究RUNX3基因在6种不同肝组织中蛋白表达情况。方法采用RT-PCR(逆转录-多聚合酶链反应)和IHC(免疫组织化学)分别检测RUNX3基因在肝癌组织及其癌旁组织中mRNA和蛋白表达水平,并分析与临床病理因素的相关性；采用IHC检测RUNX3基因在6种不同肝组织中的蛋白表达水平。结果RUNX3基因在51例肝癌组织中mRNA表达量相对值为：0.4509±0.0963；在51例相对应的癌旁组织中mRNA表达量相对值为：0.9147±0.0222；两者间差异有显著的统计学意义(t=33.6087,P<0.001)。RUNX3基因在51例肝癌组织中蛋白表达阳性率为49.02%(25/51)；而在51例相对应的癌旁组织中蛋白表达阳性率为82.35%(42/51)；两者间差异有显著的统计学意义(x2=12.5706,P<0.005)。RUNX3基因mRNA和蛋白表达水平均在分化程度、浸润周围组织、门静脉癌栓、肝内转移等病理因素差异有统计学意义(P<0.05),而在性别、肿瘤直径、肿瘤部位、癌肿出血坏死、组织分型的差异均无统计学意义(P>0.05)。RUNX3基因在各种肝组织中蛋白表达阳性率为：肝癌组织49.02%；肝增生结节组织78.26%；肝硬化组织87.50%；乙肝组织、脂肪肝组织、正常肝组织均为100%。前三者与后三者间差异分别有统计学意义(P<0.05),后三者之间差异无统计学意义(P>0.05)。结论RUNX3基因在肝癌组织中mRNA和蛋白表达水平均显著低于在癌旁组织中的表达水平,RUNX3基因mRNA和蛋白低表达与分化程度、浸润周围组织、癌栓、肝内转移等病理因素有相关性,而与性别、肿瘤直径、肿瘤部位、癌肿出血坏死、组织分型等病理因素无相关性;RUNX3基因蛋白表达在肝癌形成过程中随癌前期病变向癌的方向发展可能呈递进性下降,RUNX3基因蛋白表达水平的渐进性下降可能与肝癌的发生发展具有相关性,RUNX3基因可能是肝癌的一种抑癌基因。