基于随机游走的疾病相关非编码RNA关联关系预测模型的研究

来源 :湘潭大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:skyisheaven1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
近年来,Lnc RNA(长非编码RNA)已被证明与许多严重种危害人类健康的严重疾病的发生和发展密切相关。然而,由于传统生物实验具有实验的高成本和高耗时等原因,大多数Lnc RNA与疾病的关联尚未被发现。因此,建立有效且合理的计算模型来预测Lnc RNA和疾病之间的潜在关联是非常紧迫和必要的。在生物信息学中,利用有效的预测模型来揭示疾病与Lnc RNA之间的潜在关联已经成为近些年的一个研究热点,并被很多研究人员所高度关注。本文先介绍了研究方向的背景知识和国内外研究现状,之后提出了两种基于随机游走的模型来预测Lnc RNA-疾病的潜在关联关系,具体内容如下:(1)首先,我们从数据库中得到了已知的Lnc RNA-疾病关联数据并进行预处理。(2)随后,我们提出了一种新的基于局部随机游走的预测模型LRWHLDA用于推断人类与疾病之间的潜在联系。在LRWHLDA中,我们首先通过整合疾病-疾病,Lnc RNA-Lnc RNA与已知的Lnc RNA-疾病这三种关联建立了一个新的异构网络,该异构网络包含了两类节点和三类链接,该异构网络的设置使得LRWHLDA可以在缺乏已知的Lnc RNA-疾病关联的情况下仍然能够运行。在此基础上,我们设计了一种改进的局部随机游走方法来预测新的Lnc RNA-疾病关联,该方法可以在获得较高的预测准确度的同时仅伴随着较低的时间复杂度。这使得我们的预测模型LRWHLDA在非常稠密和复杂的网络中仍然可以保证高效。通过模拟实验证明,我们可以知道LRWHLDA有潜力成为潜在的Lnc RNA-疾病关联预测领域中新兴方法的代表。(2)最后,我们提出了一种预测模型称为TCSRWRLD,这是一种基于重启型随机游走的算法并用于预测潜在的Lnc RNA-疾病关联。在TCSRWRLD中,首先将Lnc RNA的集成相似性和疾病的集成相似性结合起来,构建一个异构的Lnc RNA-疾病网络。然后,对于新构建的异构Lnc RNA-疾病网络中的每个Lnc RNA节点或者疾病节点,将建立一个包含100个疾病/Lnc RNA节点的TCS(目标收敛集)节点集,每个节点的TCS中的100个节点与其自身的平均网络距离最小。最后,我们在异构Lnc RNA-疾病网络上实现了一种改进的重启型随机游走来推断潜在的Lnc RNA-疾病关联。该模型的主要贡献在于引入了TCS的概念,使得TCSRWRLD在原有的基础上有效地加快了算法的收敛速度,其原因是游走节点可以只关注TCS中的节点对应的概率向量达到稳定了就停止随机游走过程而不用关注全部节点的情况。比较结果和病例研究表明,TCSRWRLD能够在潜在的Lnc RNA-疾病关联预测中获得良好的性能,这意味着TCSRWRLD在未来生物信息学研究中可能是一个很好的补充。这篇文章在章节规划的第五部分加入了针对上文提到的两种模型的归纳与总结,而且,在提出总结的基础上,还加入了此项研究在下一个研究阶段的计划。
其他文献
涂胶工艺是汽车生产制造的重要工艺之一,该工艺覆盖面广,牵扯技术要求高,一直是汽车生产商长期研究的技术。胶体的三维信息检测是涂胶工艺的重中之重,包括胶高、胶宽、横截面
从改革开放以来,我们党就对解决贫困问题,实现社会主义现代化作出了战略规划。从解决温饱问题到满足人民基本生活需要,从解决物质文化需求到提出“满足人民美好生活需要”,中
目前,神经机器翻译(Neural Machine Translation,NMT)是机器翻译的主要研究方向。神经机器翻译的研究工作,通常是以句子级别的翻译作为研究对象,对于翻译的过程,往往是将单个
军用光缆网是重要的国防基础通信设施,但光缆线路障碍问题一直以来都是导致通信网络故障的最主要原因。直埋式光缆线路作为军用光缆线路中占比最高的线路敷设方式,它的无障碍
“互联网+政务服务”以平台为载体,通过平台建设打造一体化、全过程、无缝隙的为民服务体系。我国“互联网+政务服务”平台建设取得了显著成效,但也面临发展困境。只有以公平正义作为价值追求,进一步完善“互联网+政务服务”平台建设,不断满足人民日益增长的美好生活需要,才能为人民群众提供更加优质的公共服务,使人民群众拥有更多的获得感。
火力发电厂中输煤系统是保障火电厂正常运行的关键,由于特殊的结构特点,输煤栈桥结构在历次地震中均遭受到了不同程度的损伤,给国民经济造成了严重影响。目前国内外对输煤栈桥抗震性能的研究相对较少,更是鲜有涉及近断层脉冲型地震动作用下输煤栈桥结构地震响应的研究。因此,有必要对输煤栈桥结构在近断层地震动作用下的抗震性能展开研究。本文主要内容及成果如下:首先,以典型输煤栈桥结构为研究对象,建立有限元数值模型。采
氧化还原循环策略是光电化学传感器较常见的增敏方式,可显著提高传感器的性能,三(2-乙羧基)膦盐酸盐(TCEP)作为一种信号放大剂在氧化还原循环策略中发挥着重要作用。同时,一些具有氧化还原活性中心的分子如铁氰化物也可作为媒介在光电化学过程中展现出优越的性能。本文制备了具有较强光电催化活性的Bi_2S_3-G、CdS-RGO纳米材料,用来作为光电转换层构建了不同类型的传感器,进一步应用于目标物的分析检
具有控制电路的相控系统在当今军事和商业无线通信领域中获得了广泛的应用,同时日益增长的通信需求也亟需相控系统相关的射频器件和系统的设计革新。方向回溯阵列是一种特殊
Micro RNAs(mi RNAs)是一类长度大约为22nt的内源性单链非编码小RNA。它们通常在转录后抑制其目标信使RNA的3~′非翻译区(UTRs)的基因表达和蛋白生成。随着基因组测序技术与
郑州市青少年校园篮球联赛是郑州市教育局主办,郑州市中小学生体育协会和郑州市篮球协会承办,郑州教育电视台协办的一项篮球赛事,以提升我市青少年校园篮球水平,增加我市优秀