菜豆豆荚中的菜豆凝集素(PHA)含量是由多基因控制的数量性状,菜豆PHA含量受品种基因型、生长环境和采收时间等因素的影响,而利用传统的遗传研究方法很难从本质上揭示PHA含量的遗传机制。基于候选基因的关联分析是目前进行植物数量性状研究的有效方法之一。本研究以364份菜豆品种为试验材料,采用改进的血凝法测定鲜荚中的PHA含量并进行遗传多样性分析。同时,对不同品种不同发育时期的豆荚、荚壁和种子中的PHA含量进行测定,研究PHA含量的变化规律。另一方面,以150份菜豆品种为试验材料,基于PHA候选基因,对PHA基因在不同菜豆品种中的核苷酸多态性与PHA含量进行关联分析,挖掘出功能性SNP位点。试验结果表明:1.两年度的菜豆种质中PHA含量变幅为0.004~1.949mg/g,变异系数为0.545,PHA含量平均水平在0.653mg/g左右。菜豆品种间的PHA含量水平差异极显著,表现出明显的种质特异性和遗传多样性。PHA含量在两个年度的菜豆种质中整体表现较为一致,PHA含量极高和极低的种质资源数量极少。菜豆种质按PHA含量根据聚类分析结果可分为三类,且大部分菜豆种质(第Ⅱ类)的PHA含量属于中等PHA含量(0.500~0.999 mg/g)。2.8个菜豆品种‘17号’‘宏富’‘热那亚’‘A18-1-2’‘银白条’‘十粒长’‘紫冠’与‘白珍珠’在不同发育阶段的PHA含量有显著性差异,但随着豆荚生长发育都呈现出相同的趋势,且都在花后14天出现峰值。菜豆的生长发育过程中,‘紫冠’与‘白珍珠’在豆荚、荚壁与种子中的PHA含量存在着一定的差异,且‘紫冠’PHA含量在豆荚、荚壁和种子中均低于‘白珍珠’。‘紫冠’和‘白珍珠’的PHA基因的表达量与PHA含量随着生长发育呈现出相同的趋势,出现‘双峰’现象,且‘白珍珠’的PHA基因表达量在多个阶段皆高于‘紫冠’。3.通过对PHA候选基因的60个SNP位点与PHA含量进行关联分析,发现位点PV14与PHA含量极显著关联。位点PV14为G/G基因型表现为PHA含量为中低水平。在20个品种中有7个品种的PHA含量属于中等水平,低PHA含量品种有13个。C/C基因型所对应的PHA含量要显著的高于G/G基因型。因此位点PV14可用作菜豆育种工作中针对PHA含量类型的重要标记之一。