全国科技大会召开以来，建设创新型国家已成为全党和全国人民的一项重大战略任务。提高自主创新能力、建设创新型国家成为国家发展战略的核心，提高综合国力的关键。在这样的背景下，我国科技投入保持高速稳定增长，科技资源总量已跃居世界前列。但是，当前我国科技发展水平还难以满足经济社会快速发展的需要，一些产业的核心技术仍然受制于人，大量关键设备依赖进口尚不能适应创新型国家建设的要求。R&D活动是一个国家科技创新的来源和动力，是评判一个国家或地区科技实力和创新力的主要依据。R&D资源的投入和产出是原始性创新的源头，是促进自主创新的根本动力，R&D资源的合理有效配置是建设创新型国家的关键。鉴于此，在建设创新型国家框架下，如何优化R&D资源配置，并不断提升R&D资源的配置效率，就成为一个重要课题。本文首先对国内外学界有关创新型国家和R&D资源的研究现状及研究成果进行了梳理，界定了创新型国家和R&D资源的概念内涵，并重点就宏观R&D资源配置、微观R&D资源配置、R&D资源配置模式、R&D资源配置效果、科技政策及政府在R&D资源配置中的措施等几个方面，对不同学者的观点和研究结论进行归纳和评述。进一步阐明了创新型国家和R&D资源配置的关系，为后续研究奠定基础，明确方向。从R&D财力资源配置的角度，本文从R&D经费总量、投入强度、支出类别分布、行业分布、执行部门分布、经费来源与流向等方面全面分析我国R&D经费配置状况，结合对典型创新型国家R&D经费配置结构特征的分析，分析了我国R&D经费配置结构中存在的问题，并重点研究了创新型国家R&D经费投入强度的一般特征，我国政府R&D经费投入状况以及我国基础研究投入的结构特征。本文认为我国政府R&D投入比重偏低，与我国的科技水平乃至我国目前的经济社会发展战略很不相称，而基础研究经费投入比重和强度偏低，与科技经济发展水平不相适应，地方财政投入极少，财政基础研究科目经费中用于基础研究的比例只有六成，企业基础研究投入比例低，高校R&D经费中用于基础研究的比例偏低。从R&D人力资源配置角度，本文从R&D人力资源总量、执行部门分布、活动类型分布、行业分布等方面分析了我国R&D人力资源配置状况，结合对典型创新型国家R&D人力资源配置的分析，分析我国R&D人力资源配置中存在的问题，认为目前存在国际一流的高层次创新人才严重匮乏、企业R&D高层次创新人才少、高层次人才创业少、高等教育整体培养水平不高、高层次创新人才回国少等问题，进而本文分析了制约我国R&D人才培养的主要因素。　　本文建立了R&D资源配置效率评价的指标体系，并设计了地区R&D资源配置效率评价的二阶段模型，对知识创造和R&D成果转化过程分阶段进行评价。采用数据包络分析(DEA)方法中的C2R模型、BCC模型和超效率模型，以2004-2009年科技统计数据为基础，实证研究我国各地区和工业行业的R&D资源配置效率，结果表明从时间序列看我国R&D经费投入排前六位的省市，北京、浙江、江苏、广东等四个R&D资源投入大省，R&D资源的知识创造产出效率在不断提高，最近三年已达到最优，上海则一直保持较高知识创造产出效率，而山东的知识产出的综合效率还亟待提高。但是值得注意的是，知识创造产出效率最优的上海和浙江在成果转化的评价中综合效率值不足0.5，而江苏和广东从时间序列看，虽然处在效率提升的过程中，但仍未达到最优。说明我国多数地区存在大量的R&D成果并未来在经济发展过程中得到充分转化和应用，需要提高转化的效率。行业评价结果显示，通信设备、计算机及其他电子设备制造业的效率达到最优，而其它R&D投入较高的中高技术行业的综合效率值在0.8以下，它们相对传统产业并没有体现出R&D资源配置效率的优势。　　结合前文的研究成果，同时借鉴发达国家的实践经验，本文从改善R&D经费结构、优化政府R&D资金配置、合理设定地区R&D经费强度发展目标、改善R&D人力资源配置、加快发展高技术产业等方面提出了对策建议。