随着IT技术的飞速发展，嵌入式系统在生产的各个领域应用越来越广泛。在工控领域，嵌入式系统以其可靠性高，体积小和成本低而成为极具潜力的发展方向，但是针对嵌入式监控系统的组态软件的发展则相对滞后。鉴于此现状，本文对基于Windows CE.NET操作系统的嵌入式组态软件的开发进行了初步探讨，并将该软件应用于废纸造纸废水处理控制系统中。 论文根据对组态软件和嵌入式组态软件的功能结构的分析，提出了嵌入式组态软件的系统功能模型。在此模型中，把每一个功能模块作为一个组件，以实现软件的可移植性、可裁减性和开放性。嵌入式组态软件中主要功能模块包括HMI人机界面模块、通讯模块和数据库模块。本文详细介绍了三个功能模块的结构，在这些模块的设计中注重了软件的可重配置性。本文采用软件开发平台WindowsServer 2003和开发工具VS.NET以及开发语言C＃，并探讨了这些模块的实现技术，包括.NET Framework和.NET Compact Framework技术、组件对象技术、智能设备控件技术、串口通讯技术和数据库技术等。 最后，论文根据造纸废水处理过程的特点，采用所开发的软件模块，构造了一个废水处理嵌入式监控系统，通过所建立的系统可实现对现场生产状况的监控，验证了所建立的系统的可行性，为进一步实现对嵌入式系统的智能控制奠定了基础。