核桃是果材兼用的优良经济树种,它作为四大干果之一,有极显著的经济效益和生态效益。本试验以川西高原和秦巴山区收集的35份核桃种质资源为研究对象,运用AFLP和RAPD两种分子标记,结合种群生态、形态学特征分析,运用系统聚类分析方法,对35份核桃种质材料的遗传多样性进行了研究。主要结果如下:(1)从引物筛选、酶切连接、扩增条件、检测方案等几个方面进行优化,建立了核桃RAPD和AFLP最适反映体系,在此优化体系下,可以得到重复性好、稳定且多态性高的核桃RAPD、AFLP条带。(2)对核桃遗传多样性研究表明:32条RAPD随机引物在核桃群体中共扩增出324条带,平均每个引物扩增出10.1条带。其中,呈多态性的条带有279条,多态性比率为86.11%;而10对AFLP引物组合在核桃群体中共扩增出769条带,平均每个引物扩增出76.9条。其中,呈多态性的条带有440条,多态性比率为57.2%,表明核桃类群遗传结构复杂,遗传多样性丰富。(3)聚类分析表明:秦巴山区由于相互引种,基因交流频繁,导致当地核桃种质的基因型趋于一致,其遗传差异不大,群内和类群间遗传距离相对较小,从而表现出较亲的亲缘关系;而川西高原由于地理上的隔离,交通不便,基因交流较少,当地丰富的基因资源得以保存,具有良好的遗传多样性,对核桃种质资源的保护和开发有十分积极的意义。(4)通过对两种分子标记的比较研究表明,RAPD所发现的基因位点数量上要少于AFLP。尽管每对AFLP引物组合的多态率要低于RAPD单个引物的多态率,但是每对AFLP引物组合揭示的有效多态性带数要明显高于RAPD引物,另外AFLP标记的假阳性低。