苜蓿是新疆最重要的栽培牧草,苜蓿根腐病是苜蓿生产上主要病害之一,苜蓿黄萎病是苜蓿生产上的潜在威胁。本研究利用特异性引物PCR检测技术分别对新疆北疆主要苜蓿种植区采集的混合病样及单一重病田分单株采集的病样,以及多种根腐病菌混合接种后定期采集的病样进行PCR检测。以期明确我区北疆地区根腐病的病原种类,多种病原菌苜蓿上的侵染动态,为根腐病多病原复合侵染规律以及防治技术研究奠定基础;同时对广泛采集的病样进行PCR检测,以查证苜蓿黄萎病在我区北疆地区的发生有无;为该病的有效防控提供依据。对苜蓿根部混合病样和茎基部混合病样的特异性引特PCR检测表明:根部病样中检测到病原菌有3种镰刀菌(木贼镰刀菌、锐顶镰刀菌、尖孢镰刀菌)和1种丝核菌(立枯丝核菌);从茎基部病样中仅检测到3种镰刀菌(锐顶镰刀菌、茄腐镰刀菌、尖孢镰刀菌);说明新疆北疆主要苜蓿种植区根腐病病原种类主要有4种镰刀菌(木贼镰刀菌、锐顶镰刀菌、茄腐镰刀菌、尖孢镰刀菌)和1种丝核菌(立枯丝核菌),且在根部和茎基部的病原菌种类略有不同(立枯丝核菌和木贼镰刀菌仅在根部病样中检出,而茄腐镰刀菌仅在茎基部病样中检出)。对单一重病田分单株采集的15份根部病样和15份茎基部病样的特异性引特PCR检测表明:从根腐病重病田的根部病样和茎基部病样中检测到的病原菌种类均有相同的6种,比大范围采集的混合病样中总的病原菌种类多出1种(拟知孢镰刀菌),即除燕麦镰刀菌以外的5种镰刀菌和立枯丝核菌均被检出;从而再次验证和补充了混合病样中检测到的苜蓿根腐病的病原种类。在30份病样中各种病原菌的检出株率有明显差异,其中,立枯丝核菌、木贼镰刀菌、锐顶镰刀菌、茄腐镰刀菌、尖孢镰刀菌5种病原菌在根部病样及茎基部病样中均有较高的检出率(47%~73%),再次说明这5种病原菌普遍存在于苜蓿根腐病病株当中,是苜蓿根腐病的主要病原菌,其中又以茄腐镰刀菌、尖孢镰刀菌在30份病样中检出率最高(60%以上),为苜蓿根腐病的优势病原菌种群;而拟知孢镰刀菌的检出率较低(20%~33%),燕麦镰刀菌的检出率为0%,说明这两种病原菌在田间病株中只有少量感染或极少量感染,是7种病原菌中的弱势种群;此外,比较根部病样和茎基部病样的检出结果可以看出,根部病样和茎基部病样中优势病原菌种群有所不同,根部病样中以尖孢镰刀菌、锐顶镰刀菌和立枯丝核菌为优势种群,茎基部病样中以茄腐镰刀菌和木贼镰刀菌为优势种群。再从单株病样中检出的病原菌种类可以看出,无论在根部病样还是在茎基部病样中两种以上的病原菌复合侵染单一植株的情况非常普遍。在人工接菌后的定期检测中,立枯丝核菌、木贼镰刀菌、锐顶镰刀菌、茄腐镰刀菌、尖孢镰刀菌5种病原菌在病样中均有较高的检出率,再次说明这5种病原菌是苜蓿根腐病的主要病原菌,其中又以茄腐镰刀菌检出率最高,为苜蓿根腐病的优势病原菌种群;而燕麦镰刀菌的检出率最低,拟知孢镰刀菌的检出率为0%,说明这两种病原菌在田间病株只有少量感染或极少量感染,是7种接种病原菌中致病率较低的弱势种群。对昌吉市、呼图壁县、三坪农场、五一农场及伊宁县等多地的紫花苜蓿田的病样检测结果表明:所有供试病样中均未检测到黄萎病菌(大丽轮枝菌和黑白轮枝菌)。