三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)和中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)是我国重要的捕捞和增养殖甲壳类。随着过度捕捞和环境恶化,两者的自然资源量大幅度的减少。增殖放流作为补充自然资源,改善生态环境的一种方法,已被广泛地应用于三疣梭子蟹和中国对虾。然而由于甲壳类放流数量多、规格小等特点,常规的标记方法不适用于三疣梭子蟹和中国对虾的增殖放流效果评价工作。故本研究采用线粒体控制区和微卫星分子标记,对山东近海的放流效果进行研究,以期为未来的工作提供科学的指导和技术的支撑。1、基于线粒体控制区和微卫星分子标记的三疣梭子蟹增殖放流效果研究(1)线粒体控制区分析：对524只亲蟹和6个批次的547只回捕三疣梭子蟹的线粒体控制区进行扩增,序列分析结果显示：234只亲蟹没有对应单倍型的回捕个体,被排除：242只回捕三疣梭子蟹只拥有回捕个体特有的单倍型,没有找到其对应的亲蟹,被排除比例为44.24%：未排除的305尾回捕个体可能是放流的蟹苗,占回捕蟹总数的55.76%。(2)对拥有相同单倍型的290亲蟹和305只回捕个体进行微卫星分析,结果显示：290只亲蟹中,200只不存在对应的回捕个体,被排除；305只回捕蟹中223只不是放流的蟹苗,占回捕蟹总数的40.77%,剩余81尾回捕蟹被确认为放流的蟹苗,占回捕蟹总数的14.81%。综合线粒体控制区和微卫星的实验结果,524只亲蟹中,434只没有对应的回捕蟹,被排除,剩余的90只亲蟹存在对应的回捕蟹,对增殖放流做出了贡献；547只回捕蟹中,81只为放流的蟹苗,占回捕蟹总数的14.81%。根据二者的实验结果,还可以对蟹苗的来源进行分析,评价不同放流点的放流效果。结果表明,使用线粒体控制区序列和微卫星分子标记能够有效的对增殖放流效果做出评价。2、基于微卫星分子标记的中国对虾增殖放流效果研究在前期控制区分子标记对中国对虾的亲虾和回捕对虾进行单倍型分型研究基础上,对其中个体数较多的三个单倍型(Hap7, Hap11, Hap15),进行微卫星分析,以评价2012年和2013年的增殖放流效果,比较分析中国对虾不同世代间的遗传差异。利用8个微卫星引物对2012年123尾亲虾和174尾回捕对虾进行分析,结果显示,(1)174尾回捕对虾中,90尾个体在8个微卫星位点上与雌性亲虾一致,为放流的对虾苗利,,占回捕对虾总数的51.72%；(2)不同回捕时间的放流效果存在很大差异,2012年秋季回捕的140尾对虾中,79尾为放流的对虾苗种,占总数的17.03%；2013年春季回捕34尾对虾中,11尾为放流的对虾苗种,占总数的4.9%。秋季回捕的样品中放流虾苗的比例远高于春季回捕：(3)不同规格的虾苗的放流效果不同。90尾确认为放流虾苗的回捕个体中,43尾放流时为大规格虾苗,47尾为小规格虾苗,小规格虾苗的放流效果不亚于大规模苗种。(4)亲虾对子代的贡献方面存在很大差异,小部分的亲虾繁育了大部分的放流虾苗。利用8个微卫星引物对2013年39尾亲虾和85尾回捕对虾进行分析,结果显示,(1)85尾回捕对虾中,20尾回捕对虾为放流虾苗,占回捕对虾总数的23.53%。(2)根据亲虾和放流虾苗的对应关系,推测放流虾苗来源,10尾放流虾苗为昌邑海捕亲虾的后代,8尾为昌邑养殖越冬亲虾的后代,2尾为无棣亲虾的后代。(3)2013年的回捕对虾中,存在6尾2012年亲虾的子二代。中国对虾不同世代间遗传多样性比较分析结果显示,(1)中国对虾群体遗传多样性水平较高。(2)中国对虾群体的近交现象都比较严重。(3)三个世代四个群体间不存在显著的遗传分化。使用微卫星对中国对虾样品分析的结果显示,放流的虾苗在秋季的回捕对虾中占有相当的比例,证明中国对虾增殖放流效果显著,并且在次年的亲虾中也检测到放流的虾苗,证明增殖放流对资源的补充是持续的。但是中国对虾群体近交现象严重,可能对自然海域的对虾资源带来遗传风险。