生态学产生于十九世纪末，是研究生物同环境、生物同生物关系的学科。发展至今，生态学已有了很多的学科分支。尤其是在当今全球环境危机的大背景之下，生态学业已成为颇为热门的学科。　　 中医学是在“天人合一”整体观指导下建立的生态医学。本文从中医理论和生态学基础理论、中医理论同应用生态学、本草学中的生态学思想以及中医所面临的生态问题这几方面来论述:　　 “天人合一”既是哲学观，也是生态系统观。在“天人合一”的生态系统思想中“天、地、人”三才构成系统的要素，“天、地”环境对人的生理病理有重要的影响。　　 升降出入、物质流动和能量循环不仅存在于生态系统中，还存在于中医理论中，表现为:人体气机的升降沉浮和饮食化生的精气学说。　　 生态学和中医学都讲求平衡。生态学的平衡体现在系统结构功能的稳定；而中医学的平衡体现在“亢害承制”和内生态的稳定方面。　　 生态学认为生存环境对人种的形成具有重要作用，中医理论中认为人的体质、心理特点和人的生活环境有密切的关系。　　 生态灾害的形成，会给人们的生产生活带来巨大损失。运气学说中有很多关于生态灾害的论述。　　 中药理论中蕴涵着丰富的生态学思想:药物的采收具有时间性、产地有道地性、药物药效的形成与特定的生态环境有密切的联系、在《本草纲目》的水部中有着丰富的生态学思想。　　 中药材市场需求的加大对中药资源的可持续利用是一种压力，同时环境污染致病的研究，对中医来说是一个全新的课题。