高校科协联合组织是由全国性或区域范围内，各高等院校科协以及从事高校科协工作的专家学者自愿结成的联合性、非营利性社会组织。作为科协共同体的新形式，高校科协联合组织在实现区域内科技资源共享、科技团体合作，促进经济发展和科技进步等方面具有独特作用。近年来，高校科协联合组织的成立与发展开始受到越来越多的关注，其在管理运行上存在的问题也开始凸显出来，为了充分发挥高校科协联合组织的积极作用，有必要对高校科协联合组织开展更为深入的理论研究。只有在充分把握高校科协联合组织管理运行特点的基础上，立足实践，才能不断地推动联合组织的全面发展和进步。　　本文以战略联盟理论、动态联盟理论和组织管理理论等相关理论为支撑，采用理论研究和实地调研相结合的方式，对高校科协联合组织进行了比较系统的研究。不仅详细介绍了高校科协联合组织的发展历史和运行模式，深入分析了其决策、协调、信任、学习和监督等相关机制，还根据调研成果和分析结论，总结出了目前高校科协联合组织在运行中所面临的普遍问题，即：（1）上级科协支持不力；（2）组织制度建设缓慢；（3）体制机制运行不畅；（4）管理运行缺乏创新。并在深入分析造成这些问题产生的原因的基础上，有针对性的提出了相应的对策，即：（1）转变思想认识，加强支持力度；（2）加强组织建设，完善组织制度；（3）完善组织机制，流畅组织运行；（4）构建创新体系，注重协同创新。期望这些对策建议，在实践中，能够更好地完善高校科协联合组织的管理体制和运行机制，以发挥联合组织的积极作用，使其更好地为经济的发展和科技的进步做出贡献。