本实验建立了一种基于变形杆菌五个管家基因串联序列构建的系统进化树,分析变形杆菌各菌株基因的相似性和差异性,明确其亲缘关系,从而在种水平对变形杆菌进行鉴定的多位点序列分析（MLSA）方法。以本实验室收集保存的210株变形杆菌作为研究对象,同时以变形杆菌的9个种的模式菌株作为鉴定标准,共219株实验菌株,以dnaJ-mdh-pyrC-recA-rpoD的排列顺序将管家基因序列串联,构建系统发育树进行聚类分析。结果显示,210株变形杆菌可有效的区分为7个进化簇,分别代表变形杆菌的7个基因种（即基因种奇异变形杆菌,基因种1-6）。其中6个进化簇（基因种奇异变形杆菌、基因种1-4、基因种6）有且只有一个模式菌株,一个进化簇中（基因种5）包括3个模式菌株。同时,分别用5个管家基因单独构建系统进化树,对219株变形杆菌进行聚类分析发现,有4个管家基因（dnaJ、mdh、pyrC、rpoD）与5基因串联序列的分类结果一致,例外的是recA构建的系统发育树,有4株菌单独分为一个进化簇,而5基因序列串联进化树将其分类在基因种6中。以5基因串联序列的数据评价种内和种间的距离显示,变形杆菌有模式菌株的7个基因种种内距离保守度较高,而基因种间的距离较大,从而表明本研究建立的MLSA方法可有效的对变形杆菌种水平进行鉴定和分类。基于全基因组的相关性,即电子DNA-DNA杂交（is DDH）和平均核苷酸一致性（ANI）分析表明,每个进化簇包含的模式菌株及亚簇代表菌株的全基因组的is DDH和ANI数值远远小于相应的临界值（70%和95%）,此结果与MLSA分析对种水平鉴定的结果一致。针对基因种5进化簇包含的3株模式菌株及亚簇的参考菌株CA142267进行基因组分析发现,三个进化亚簇的模式（参考）菌株的is DDH和ANI结果均大于相应临界值,提示这3个模式菌株属于变形杆菌的同一种,并由此提出对变形杆菌种类重新修订的方案。综上,本研究建立的MLSA在变形杆菌的种水平的鉴定和分类上是一个准确、快速、经济有效的方法,可应用于变形杆菌种水平的鉴定及新种发现上。以本研究建立的MLSA方法对变形杆菌分析,发现有11株变形杆菌可单独分为4个进化簇,并与已知MLSA聚类关系鉴定的7个基因种明显不同,提示这4簇菌株可能为变形杆菌的4个新种。继续用多种方法,对这11株变形杆菌进行鉴定,包括表型生化、糖发酵实验、酶活性实验、碳源利用实验、16S rRNA和rpoB序列的系统进化分析、基因组相关性分析（is DDH和ANI）,将这11株变形杆菌鉴定为4个新种,根据其分离来源及分离地点命名为,天鸽变形杆菌（Proteus columbae）、爱满变形杆菌（Proteus alimentorum）、矢米变形杆菌（Proteus faecis）,食物变形杆菌（Proteus cibi）。并描述了这4个新种的脂肪酸成分和耐药状况。