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本研究采用候选基因的策略，通过分析绒毛形成的生理机制，选择与绒毛性状密切关联的角蛋白关联蛋白KAP8.1、KAP8.2、KAP6.3和成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因，采用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法检测基因变异，并分析基因变异与绒毛性状的相关性。本研究从四个方面进行研究：
(1)系统探讨年龄和年份与绒山羊产绒性能和绒毛品质间的变化规律，结果表明：不同年龄间产绒量、绒长度、毛长、体重、绒纤维细度和伸直长度均有显著差异(P<0.01)，内蒙古白绒山羊2～4岁生产性能和绒毛品质处于最佳阶段，5～6岁时产绒性能下降，6岁后生产性能大幅下降，绒毛品质明显降低；年份对绒山羊产绒量、绒长度、毛长度和体重有显著影响(P<0.05)，各年份产绒性状表型值波动较大，说明年际效应显著，2000年后性状表型值得到稳定提高。
(2)以KAP8.1和KAP8.2为候选基因，检测其基因多态性与内蒙古绒山羊绒毛性状的连锁关系，结果表明：KAP8.1基闵编码区发现T113G和G116C两个SNP位点(GenBank accession no． AY510122)，这两个突变未改变氨基酸序列；关联分析结果表明不同基因型对产绒量有显著影响(P<0.05)，但对其它各性状没有影响(P>0.05)；AB基因型利BB基因型产绒量显著高于其它基因型，分析认为该效应可能是由于T113G突变造成，表明KAP8.1基因多态性可能是绒山羊产绒量的一个分子标记；KAP8.2基因编码区发现A214G和T218C两个SNP位点(GenBank accession no．AY510123)，A214G突变是同义突变而T218C是错义突变；关联分析结果表明，基因型对绒纤维细度、产绒量和毛长度有显著影响(P<0.01)，但对绒长度无显著影响(P>0.05)；AA 基因型(0.73)是群体的优势基因型，该基因型个体绒纤维细度显著低丁其它各基因型，表明KAP8.2基因多态性可能是绒山羊绒纤维细度的一个分子标记。
(3)以KAP6.3基因为候选基因，采用PCR-SSCP技术对其编码区和3-非翻译区进行多态性扫描，并分析其变异与绒毛性状的连锁关系。结果表明：山羊KAP6.3基因(GenBank accession no.AY310751)共发现10个SNPs位点，分别是C89T、T110C、C134T、C149T、G163A、G170A、A217G、A229C、G389A和A437G。其中G163A、A217G和A229C突变是错义突变，G389A和A437G突变位于3-UTR，其余5个SNPs位于编码区，是同义突变。对K2引物，群体以A等位基因为主，AB基因型是优势基因型，其产绒量显著高于其它各基因型(P<0.05)。K3引物检测剑九种基因型，F平H基因型的产绒量最高，且绒长度最长；而G和I基因型的产绒量最低，且绒长度最短；F和H基因型与G和I基因型的这两个性状最小二乘均数相比均达剑显著水平(P<0.01)。K4引物的AC基因型绒纤维细度最小，显著低于其它基因型(P<0.05)，BB基因型的绒长度利毛长度显著高于其它基因型(P<0.05)。
(4)以成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因为候选基因，检测其基因多态性，寻找与绒山羊被毛长度相关的遗传标记，结果表明：FGF5基因外显子1存在限制性内切酶Bgi Ⅰ多态位点，测序结果发现该SNP是由碱基序列C→T的突变而引起；基因型利基因频率统计结果表明，该试验群体以等位基因A具有明显的优势；基因多态与绒毛性状关联分析表明，该SNP对各绒毛长度的影响不显著(P>0.05)，但AB基因型毛长度大于AA基因型。