我国作为草地资源大国,境内草地主要集中于北部及西北部地区,其中内蒙古和青藏高原是草甸生态系统的主要分布区。草甸生态系统是生产牧草的主要基地,也对水土保持具有重要作用。微生物是草甸生态系统中的重要组成部分,对维持草甸生态系统结构与功能具有重要意义。然而,针对不同草甸生态系统土壤微生物群落特征和土壤多功能性的认知还非常薄弱,尤其对土壤多功能性的驱动因子更知之甚少。本研究在内蒙古温带草甸和青藏高原高寒草甸进行植被群落野外调查和土壤样品采集,温带草甸13个样点,高寒草甸6个样点,三次重复,共计57个样品。运用高通量测序技术探究不同草甸生态系统微生物群落组成的分布特征;运用单因素方差分析（ANOVA）,T检验等多种统计方法评估不同草甸生态系统间微生物群落及生态功能差异;采用相关性分析揭示微生物群落特征及环境因子与土壤多功能性之间相关性。主要研究结果如下:（1）测试10种气候及土壤理化性质指标。不同草甸生态系统之间温度、降雨量、速效磷、速效钾、氨态氮、硝态氮、亚硝态氮存在显著差异（p＜0.05）,且除硝态氮外其余存在差异的气候及土壤理化性质指标均呈现出高寒草甸＞温带草甸。（2）不同草甸生态系统植被均呈现退化趋势。不同草甸生态系统植物香农（Shannon）多样性存在显著差异（p=0.011）,且温带草甸（H′=2.17）＞高寒草甸（H′=1.79）。（3）不同草甸生态系统微生物群落丰度和多样性具有显著差异。温带草甸微生物群落α多样性显著高于高寒草甸（p＜0.01）。土壤总氮含量对细菌群落解释度最高,温带草甸解释度为77.8%,高寒草甸解释度为90.7%;土壤有机碳对温带草甸真菌群落影响最大（65.5%）;速效钾对高寒草甸真菌群落影响最大（76.1%）。（4）不同草甸生态系统微生物群落构建过程具有显著差异（p＜0.01）,草甸生态系统中确定性过程主导了土壤细菌群落的构建,而随机性过程主导了土壤真菌群落构建。（5）不同草甸生态系统土壤多功能性存在显著差异（p＜0.001）,温带草甸（0.531）土壤多功能性指数高于高寒草甸（0.358）。最小二乘法结构方程模型结果表明温带草甸土壤多功能性主要受真菌群落多样性（0.109）影响,高寒草甸土壤多功能性主要受降雨量（1.725）和植物群落多样性（0.490）影响。