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本文采用不同的提取方法提取棉秆蛋白，对影响棉秆蛋白提取率的因素进行了研究，并对棉秆蛋白进行了分离纯化，采用凝胶过滤柱层析和SDS-PAGE对棉秆蛋白分子量的组成情况进行了初步了分析。
棉秆粗蛋白的提取实验主要考虑的影响因素有：pH值、提取剂种类、提取剂浓度、提取温度、提取时间、提取剂体积等。实验中采用的提取方法有NaOH提取法、NaCl提取法、H2O提取法、超声波法、纤维素酶法、表面活性剂法、AUC提取法、乙酸提取法。其中对NaOH提取法、NaCl提取法、H2O提取法进行了正交试验，研究各方法对棉秆蛋白提取率的影响。结果表明，以NaOH为提取剂时，NaOH浓度为0.3﹪，提取温度50℃，提取时间120min，提取剂体积100ml，提取2次，棉秆蛋白提取率可达72.60﹪；以NaCl为提取剂时，NaCl浓度为0.8﹪，提取温度50℃，提取剂体积80ml，提取时间60min，提取2次，棉秆蛋白提取率达到52.03﹪；以H2O为提取剂时，提取温度60℃，提取时间90min，提取剂体积90ml，提取2次，棉秆蛋白提取率达到49.50﹪。本实验采用碱性H2O2法对NaOH提取的棉秆蛋白进行了脱色，研究结果表明，H2O2添加量12﹪，pH值9，脱色时间45min，脱色温度45℃，蛋白得率为94.41﹪，脱色后蛋白呈乳黄色。棉秆蛋白的凝胶过滤柱层析结果表明，上述三种方法提取的棉秆蛋白中不同分子量的蛋白所占比例不同。SDS-PAGE分析结果表明，棉秆蛋白亚基分子量主要分布在20，000Da以下，40，000Da左右，90，000Da以上的三个分子量范围内，并且以分子量在40，000Da左右的一组蛋白亚基所占比例最大，90，000Da以上次之，20，000Da以下最少。