随着经济的发展,人民群众的生活水平提升,对于医院的医疗水平的需求和医疗配套的要求也越来越高,这几年来我国政府对医院卫生条件的重视度很高,也陆续颁布了医疗卫生体制改革的相关政策,目的是为了各级公立医院能够更好地为人民群众服务,逐步化解和解决更深入的医患矛盾的问题。在这个过程中,增加公立医院财政专项资金的投入最能代表我国政府对公立医疗事业的重视举措。目前临床重点专科、公卫专项资金、科学研发等方面的支出占用了大量的公立医院财政专项资金,为了公立医院自身的发展和提高群众对公立医院的满意程度,必须更加高效的利用财政专项资金。本文以D医院购买大型医疗设备为例,对公立医院改革以来政府加大对公立医院投入力度后,公立医院财政资金的绩效评价进行分析,基于政府管制理论和公共财政理论,对公立医院财政资金的绩效评价出现风险的原因,出现风险的方式进行研究。研究表明公立医院财政资金的绩效评价出现了一定的风险,通过建立有效的指标库体系,针对性的进行设置,完善评价结果运用等建议,降低财政资金绩效评价的风险。