由于各国不合理的公海活动破坏了公海的生态环境及其生物多样性。一些国家希望通过建立公海保护区的方式来保护公海生态环境及其生物多样性。公海保护区管理方为了达到保护公海生态环境的目的,依据公海保护区协定制定了一些限制性的保护措施。这些限制性措施与公海自由原则相冲突,主要体现在限制公海航行自由、捕鱼自由和科研自由。造成二者之间冲突的主要原因是公海保护区与公海自由原则的法理基础不同,以及国际法上公海自由权利与公海环保义务之间存在不平衡性。首先公海自由原则是由国际习惯发展而来,并经《联合国海洋法公约》的确立成为国际社会公认的国际海洋法基本原则之一。公海保护区是依据少数国家订立的公海保护区协定而设立的,缺乏全球性国际条约作为国际法依据。同时公海保护区协定的效力具有局限性,对非缔约国是没有约束力的。其次,目前国际法和国际实践中都只重视公海自由权利而忽视公海环保义务,这就造成了公海自由权利与公海环保义务的不平衡性。公海保护区与公海自由原则之间的冲突不是绝对的,而是相对的。公海自由不是绝对的自由,公海保护区可以促进和完善公海自由原则。因此公海保护区与公海自由原则冲突是可以化解的。要利用现有的国际法制度来化解公海保护区与公海自由原则的冲突。公海保护区协定的效力具有局限性,对非缔约国没有约束力。但是很多公海保护区的非缔约国是很多其他国际组织的缔约国,因此公海保护区可以通过与相关的国际组织合作。这样公海保护区就可以借助相关国际组织对公海保护区的非缔约国产生一定的影响,从而达到保护公海生态环境的目的。比如可以与国际海事组织、国际海底管理局、东北大西洋渔业管理组织等组织合作。同时可以采取一些措施,比如针对捕鱼采取分区限制捕鱼的方式、针对航行采取指定航道、针对科研建立利益共享机制的方式引导非缔约国遵守公海保护区的管理措施,最终实现公海保护区与公海自由原则之间的协调从而化解冲突。中国是一个海洋大国,公海保护区对公海自由原则的冲突对中国会产生一定的影响。产生的影响主要体现在公海航行活动、公海捕鱼活动和公海科研活动方面。这些影响对中国来说既是挑战同时也是机遇,中国可以从国际和国内两方面积极参与公海保护区事务。国际上,中国要积极参与公海保护区相关国际规则的谈判和制定,积极维护中国的海洋利益。国内层面,中国要完善本国的相关法律法规,同时要进一步加大公海科研及相关技术的研发和投入。