胃癌患者ceRNA网络调控综合分析及免疫相关基因预后风险模型的构建

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zsjingling
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目的:胃癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着人类的生命安全。本研究的目的是通过构建竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,探索新的胃癌预后标志物。此外,免疫细胞已成为多种肿瘤发生和发展中的关键调节因子。我们利用免疫基因构建胃癌的预后模型,从而更好的预测胃癌患者的预后。方法:我们从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了RNA表达数据。通过比较胃癌样本与正常组织样本筛选出差异表达的长链非编码RNA(lnc RNA),mRNA和微小RNA(miRNA)。根据ceRNA假说提出的miRNA与lnc RNA/mRNA之间相互作用关系,构建了ceRNA调控网络,并对ceRNA网络中的靶基因进行了功能富集分析。另外我们还对ceRNA网络中的RNA进行生存分析,筛选出与胃癌预后相关的RNA。使用Immport数据库和差异表达算法筛选出胃癌的免疫相关差异表达基因。通过COX回归分析和随机生存森林(RSF)预测免疫相关预后基因并构建生存模型,然后通过TIMER数据库分析免疫基因表达与各种免疫细胞浸润的相关性。结果:通过将胃癌样本和正常样本比较,共有64个lnc RNA,10个miRNA和10个mRNA被纳入进我们的ceRNA网络中。基因功能富集分析结果表明ceRNA中的靶基因与ATP酶的活性,受体结合,血管生成和胞外外泌体的功能相关。生存分析共鉴定出了7个lnc RNA,2个miRNA和2个mRNA与胃癌预后相关。在胃癌和正常组织之间共筛选出了155个差异表达的免疫相关基因,并且由4个免疫相关预后基因(NRP1,PPP3R1,IL17RA和FGF16)组成的免疫预后模型与胃癌的总体生存率(OS)密切相关。根据风险评分截断值,将患者分为高危组和低危组。在训练组(P<0.0001)和测试组(P=0.0021)中,高风险组患者的总生存期明显短于低风险组的患者。结论:本研究构建了胃癌的ceRNA调控网络并对网络中的基因进行了预后分析。此外,我们利用4个免疫基因构建了胃癌的免疫预后模型。我们的研究为胃癌的预后评估提供了新的生物学标志物。
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