猪瘟(Classical swine fever,CSF)是由猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)引起的一种以高热、出血,高死亡率为特征的接触性烈性传染病。被世界动物卫生组织(OIE)列入须申报的(notifiable)动物传染病目录。我国将其列为一类动物传染病。是目前威胁我国养猪业的最重要传染病之一。我国虽然应用兔化弱毒疫苗较好的控制了猪瘟的大规模爆发流行,但该病仍然在全国各地呈散发性流行,临床表现日趋复杂,而且免疫猪群发生猪瘟有上升趋势。因此,开展研究我国猪瘟病毒流行毒株的基因分型、生态分布特点、毒株变异性,比较不同流行毒株之间及流行毒株与疫苗株之间的抗原性差异,探索在免疫压力下猪瘟病毒的遗传变异情况,对于更好的制定与改进我国猪瘟的防治工作具有重要意义。本研究收集了2000年后我国10个省市临床疑似猪瘟病料152份,采用套式RT-PCR的方法从其中29份病料中扩增了CSFV流行毒株E2基因的主要抗原位点编码区,获得该部分基因序列29条。参考GenBank上公布的国内外CSFV毒株序列24条,2000年前中国CSFV流行毒株序列14条,通过利用生物信息学软件对各毒株核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行比较分析,构建了毒株间的遗传关系系统发生树。揭示了2000年后我国CSFV的遗传背景。研究结果表明:我国2000年后的CSFV流行毒株分为基因1.1亚型、2.1亚型、2.2亚型三个亚型,其中基因2.1亚型的毒株数占79.3%。不同地区流行毒株之间的核苷酸同源性为79.1%~100%,推导的氨基酸同源性为80.3%~100%。从收集保存的1996～2007年中国CSF阳性病料库中挑选出63份病料,通过细胞分离的方法分离到31株CSFV流行毒株,建立了我国首个遗传背景清楚、细胞传代代次清晰的CSFV流行毒株病毒资源库,并在其中一份CSF阳性病料中同时分离到CSFV、PRV两种病毒,首次从病原学角度证明了猪瘟与伪狂犬病毒混合感染的存在。分析比较了22株CSFV流行毒株、CSFV标准强毒石门株、疫苗兔化弱毒株之间的抗原性,首次证实并揭示了中国CSFV不同流行毒株之间、流行毒株与疫苗株之间的抗原性差异。结果表明:CSFV的基因分型不能等同于抗原分型,同一基因型流行毒株之间存在着抗原性差异,我国的流行毒株在单抗WH303、302所针对的CSFV保守位点上没有发生变异,流行毒株之间存在的抗原差异性主要反应在CSFV的Erns蛋白上,部分流行毒株随着时间的推移发生了细微的抗原漂移。针对我国长期使用疫苗控制CSF但仍有散发的现状,进行了免疫压力下CSFV是否会发生遗传变异的研究,结果表明:在中和抗体存在的条件下,CSFV仍保持了其稳定的遗传特性,对中和抗体的中和作用仍具备敏感性。