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目的：哨点分析2009-2010年本地新生儿轮状病毒(RV)感染情况及流行基因特征,为分析新生儿RV流行与进化,有效防治新生儿RV感染提供参考依据。方法：对2009年1月至2010年12月在新疆维吾尔自治区人民医院新生儿科收集的住院新生儿大便标本2026份,用酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测RV,查阅病历收集其一般情况和临床资料,应用SPSS17.0进行临床相关分析。提取阳性样本RV核酸,用半巢式多重RT-PCR方法进行G型(VP7)和P型(VP4)基因分型,对主要流行基因型进行基因测序。将测序结果与GenBank中所公布的核苷酸序列进行比对,分析新生儿RV流行基因型变化及基因序列变异情况,分析其演化趋势。结果：监测期间新生儿轮状病毒的总检出率为14.22%,其中2009年为17.78%(176/990),2010年为10.81%(112/1036)；院内感染占60.07%(173/288)。腹泻新生儿的RV检出率为48.68%(74/152),显著高于非腹泻新生儿(11.42%,214/1874)(χ2=160.106,P<0.001)。对2009年103份(36份腹泻、67份非腹泻)阳性样本及2010年81份(35份腹泻、46份非腹泻)阳性样本进行G/P基因型分型,结果显示：2009年：腹泻新生儿G型以G9为主要流行株,占61.11%(22/36),其次为G3型(19.45%,7/36)和G1型(2.78%,1/36),G混合型感染占8.33%(3/36),G未能分型占8.33%(3/36)；P型以P[6]为主要流行株,占83.33%(30/36),其次为P[8](2.78%,1/36),P混合型感染占5.56%(2/36),P未能分型占8.33%(3/36)；非腹泻新生儿,G9同样为主要流行株,占76.12%(51/67),其次为G1型(7.46%,5/67)和G3型(2.99%,2/67),G混合型感染占7.46%(5/67),G未能分型占5.97%(4/67)；P型中P[6]占主导,达85.07%(57/67),另检出2例P[8]型(2.99%),5例混合感染(7.46%)未能分型3例(4.48%)。2010年：腹泻新生儿仍以G9型为主要流行株,占74.28%(26/35),以下依次为G3型(11.43%,4/35)和G1型(2.86%,1/35),G混合型占11.43%(4/35)；P型仍以P[6]为主要流行株,占80%(28/35),其次为P[8](5.71%,2/35),P混合型感染占14.29%(5/35)；非腹泻新生儿,G9型也是主要流行株,占82.61%(38/46),其次为G1型(4.35%,2/46)和G3型(2.17%,1/46),G混合型占8.7%(4/46)、G未分型1例(2.17%)；P型也以P[6]为主导,达80.44%(37/46),另检出3例P[8](6.52%),P混合型感染6例(13.04%)。2009-2010年,无论腹泻还是非腹泻新生儿感染的最主要G/P组合型均为G9P[6]型。序列分析表明2009年与2010年流行的G9和P[6]株基因序列均分列2个进化簇,存在差异；多种G9P[6]株同时存在于每年的腹泻和非腹泻新生儿中；2010年流行株可能由2009年流行株通过突变重配进化而来。结论：RV是新生儿腹泻及院内胃肠道感染的主要病毒病原。2009年至2010年新生儿RV主要流行基因型为G9P[6]型。不同株G9P[6]同时流行于新生儿且在不断变异进化。加强监测,制定合理的防控策略,有效预防新生儿RV感染意义重大。