新型城镇化提倡“以人为本”,有序“推进农业转移人口市民化”是城镇化的核心任务。科学测算农业转移人口市民化的成本,有利于为政府合理布局财政、科学规划城市发展提供参考依据。针对新疆地域特色,有针对性地构建市民化成本分担机制,有利于推进城镇化健康发展。本文在对市民化成本测算方法进行甄别的基础上,引入平均成本法、边际成本法和横向区域比较法多种方法。首先将伊宁市作为典型样本城市进行市民化政府公共成本测算研究。然后运用横向区域比较法对新疆83个县市的政府公共成本进行测算,运用指数法对新疆83个县市的企业成本进行测算。最后,利用地理信息技术中的ARCGIS软件将政府公共成本值、企业成本值和政府公共成本压力系数值形象直观呈现。研究结果显示,政府公共成本值普遍北疆大于南疆,政府公共成本财政收入压力系数值南疆大于北疆,政府公共成本财政支出压力系数值北疆大于南疆。造成地区差异的原因与地区经济社会发展水平、财政资金配置利用方式、人口自然资源禀赋有关。政府公共成本随着城市户籍人口数增加而减少,政府公共成本随着城市人均GDP的增加而增加。最后,提出构建“政府、企业、个人、社会组织”多元主体分担机制和“人-地-财”联动机制。新疆应该探索构建中央、自治区、地州市、地方、援疆省市多元政府共同分担政府公共成本的机制,走出一条“创新、协调、绿色、开放、共享”的特色城镇化道路。