本文描述一种基于质谱的高通量糖基化肽段鉴定新方法的研究过程。主要创新点包括：1)采用建立样品特异性数据库与网络模型结合的方法,使得糖肽谱图的解析效率获得了突破；2)由于糖肽缺乏标准品,作者采用大规模CID/HCD技术联用的方法作为软件开发的参照,逐步优化软件处理流程。主要贡献为：发展了高效的糖基化肽段谱图鉴定方法,并在人血清样品中鉴定了超过700个糖肽,为该领域中目前最高水平的报道。论文主要包括两部分：背景介绍(第一、二章)以及研究过程(第三至六章)。第一、二章以循序渐进的方式介绍了糖肽分析的前沿性和重要性。首先在第一章中,作者对蛋白质组学后修饰研究的现状和糖生物学领域的发展做了分析,而两者的交叉领域则是糖蛋白研究。第二章中,作者对糖蛋白质研究的复杂性以及基于质谱的研究方法做了系统性的分析,并展示目前糖肽鉴定中常用的质谱技术。第三至第六章为软件的研发过程和结果。第三章为软件开发的初级阶段,包括人工分析海量谱图及自动化分析的实现。第四章为质控和验证手段的开发,作者对于可能采用的技术做了系统性的分析,最终采用CID/HCD联用并进行了深入研究。第五章为软件算法的优化和目前最终结果的展示。第六章附录中展示了高质量谱图以及大规模鉴定结果,此外还包括了实验流程。