新中国成立60多年来，我国高校教育取得了长足发展，特别是1998年高校扩招以来，我国高校教育规模迅速扩大，为我国迅速发展的国民经济提供了坚实的人力资源保障。然而，在我国高校教育规模迅速发展的同时，高校特别是地方高校教育经费不足的问题日益突出。尽管近年来中央和地方政府都加大了对地方高校的财政投入，但仍无法满足高校迅速发展的需要。因此，地方高校如何优化教育经费的投入结构以提升自身绩效就变得尤为重要。高校教育经费投入结构可以分为：教育经费来源结构和教育经费支出结构。教育经费来源结构体现的是社会各种资源对高校教育的投入；而教育经费支出结构则体现高校内部资源配置。因此，高校通过外部资源投入获取一定的教育经费来源，再通过各种机制在高校内部进行合理配置，最终通过人才培养、科学研究和社会服务三大高校功能来体现高校绩效。而高校内外部教育经费不同的配置结构产生的高校绩效也可能不同。本文采用理论分析和实证分析结合的方法，通过对地方高校教育经费投入结构与高校绩效的关系进行分析，构建两者影响的理论模型，再通过江苏省25所地方高校教育经费来源和支出数据的统计分析，来检验该理论模型。实证检验发现，在地方高校教育经费来源结构中，国家财政性拨款比重对高校绩效的影响最大，事业收入比重次之，其他收入比重最小；而在地方高校教育经费支出结构中，个人部分支出比重和公用部分支出比重与高校绩效相关，但显著性不高。可能的原因是地方高校教育经费支出的统计数据未能按照支出的功能划分，一定程度上降低了实证分析的准确性。因此，本文认为地方高校教育经费投入结构对高校绩效具有一定的影响。并根据本文的研究结果，从教育经费外部配置和教育经费内部使用两个角度，提出了相应的政策建议。