论文部分内容阅读
转录因子与顺式元件的正确识别是调控基因表达的关键，深入研究二者的内在关系对构建靶基因调控网络极为重要。血清反应因子SRF是普遍存在于哺乳动物中的多功能转录因子,其DNA结合位点CC(AT)6GG即CArG元件在哺乳动物进化史上极为保守，故顺式元件CArG的突变可能是产生SRF不当调控并导致许多疾病发生的重要原因。常规序列分析方法寻找功能CArG元件的假阳性较高，制约了SRF和其共调控因子对靶基因调控网络的构建。本研究从人类全基因组转录起始位点上下游2000bp的序列上，搜索至多允许一个突变的CArG元件，利用46个脊椎动物中的全基因组比对数据，找出人基因组上转录起始位点上下游2000bp范围内保守CArG元件4744个。再结合表达量数据（正常VS沉默SRF），进一步确认特异实验条件下SRF的潜在靶基因652个。为构建调控网络，我们对SRF靶基因按功能进行聚类，有相同或相似功能的基因被聚在一个类中。取每个功能类的中靶基因上CArG元件上下游500bp的序列，预测可能与SRF进行共调控的转录因子，为进一步筛选出在特异实验条件下起调控作用的转录因子，利用惩罚多变量回归筛选出每个功能类中起主要作用的转录因子，发现不同功能类基因中SRF可能会与不同的共调控因子相互作用来调控该功能类的转录，不同功能类基因中SRF的调控模式可能是不同的。最后，我们用预测出的SRF靶基因及共调控因子,构建了不同功能类中SRF和共调控因子对其靶基因的调控网络。